西晋初,
分汉代且兰县地置万寿县,为牂牁郡治,有今余庆县地。历南朝宋、齐、梁、陈,万寿县无变。
隋代,以万寿县扩置牂牁县,为牂牁州牂牁郡治,今县地在境内。
唐乾符三年(876年),以白泥、余庆(今敖溪)两土司为校尉,是县境有建置之始。
元代至元二十八年(1291年),改余庆长官司为余庆州。至正二十三年(1363年),改白泥长官司为白泥州。
明洪武十七年(1384年),余庆、白泥两州复改长官司。万历二十九年(1601年),平播后,贵州巡抚郭子章奏请将白泥、余庆两地合置余泥县,旨准改称余庆县,设余庆、白泥、合江3里,辖40余个村寨。
清康熙二十七年(1688年),省裁兴隆军田附近归余庆,名新归里,此时余庆辖4里。
民国三年(1914年),县废里设区。
民国三十年(1941年),黄平县第5区(太平堡)划归余庆。至此,余庆设5个区,行政区划基本固定。
1949年11月12日,余庆县解放,时置4个区、13个乡镇。
1951年9月,全县设5个区,13个乡镇、105个行政村。
1956年4月,隶贵州省镇远专署。
1956年4月18日,余庆县划归遵义专署。
1997年,撤地为遵义市,至今。