南江古属巴国，后为集州，先秦两汉就有政区建置。

南北朝时期的梁普通六年（公元525年）始建难江县（取江水难涉之意），距今1480年，明正德十一年（公元1516年）改难江县为南江县（江水绕城南而名）至今。

1993年从达县地区划入巴中地区。

1997年，南江县面辖11镇68乡。县政府驻南江镇。

2000年，南江县辖7个镇、66个乡。

2003年1月13日，南江县撤销小河、沙河、下两、长赤、正直、大河、赶场、贵民、上两、杨坝10个区公所。

2004年，南江县辖11个镇、62个乡。

2005年3月25日，四川省人民政府批复：原由巴中市南江县批准设置的小河、沙河、长赤、正直、下两、大河、赶场、贵民、上两、杨坝片区的10个办事处和南江镇的城郊、城区2个办事处应予以撤销。南江县撤销碾盘、水洞、石矿、桥坝、金盆、红顶、竹岭、红五、九顶、花桥、菩船、凉水、东垭、长征、瓦池、白院、旭光、沙滩、红星、新立、西清、玉泉、光明、甘溪、新民25个乡。