明洪武十四年（1381），定遂昌为4乡24都，三仁乡为建德乡所辖的十三、十五都。清雍正七年（1729），遂昌县设5乡22都，三仁乡为西北乡十三、十五都。宣统三年（1911年）5月，实行地方自治，全县设10个自治区，三仁乡属保仁区管辖范围。

民国时期，先后为大柘区益三乡、一五乡和城区保仁乡、大柘区保仁乡。中华人民共和国成立初期沿用大柘区保仁乡乡名，1951年保仁乡分为保仁、益三两乡，其中益三乡属城关区。

1965年城关、大柘两区撤销，益三（除魁川村外）、保仁两乡合并取两乡尾字为三仁乡，归县直属。

1958年李家山等6个自然村划归城镇（现妙高镇），称曙光公社三仁管理区（生产大队），1959年改称城关公社三仁管理区（生产大队）。

1961年7月称三仁公社，属城关区。

1983年10月政社分设，三仁公社改称三仁乡，1985年三仁乡改称三仁畲族乡，属城关区。

1992年6月，浙江省境内实行“撤区、扩镇、并乡”，遂昌县设20个乡镇，保留三仁畲族乡。