双堠镇现境大部在明清以致民国年间一直归沂水县管辖，1939年解放，时称菜峪乡。
1941年将菜峪乡分为崖子和盆泉两个区，盆泉区归费东县，崖子区归沂南县。
1945年费东县撤销建制，盆泉区划归沂南县。
1956年县界调整，将垛庄区和崖子区的东河，营后，泉桥，梭庄4个乡划归蒙阴县，同时在原崖子区的基础上从青驼区划入部分村庄成立双堠区。
1958年秋成立双堠人民公社，同年11月撤销沂南县建制，双堠公社划归蒙阴县。
1961年8月沂南县恢复编制，又划回沂南县，时称双堠区。同时把划给蒙阴县的东河，营后，梭庄划回双堠区，泉桥区仍旧归属蒙阴县。
1985年双堠公社改为双堠乡，1997年改为双堠镇至今。
明崇祯年间王氏来双堠村定居，因村西和村东各有一个土堆，是古代侦察敌情传递信号的“堠”的遗迹，故村名双堠。
