西周燕国曾设都于境内。

秦为上谷郡。

汉为良乡县。

金大定二十九年（1189年）建万宁县，明昌二年（1191年）更名奉先县，故治在今房山镇，属中都路大兴府。

元成吉思汗十年（1215年）两县属燕京路大兴府。元世祖至元元年（1264年）改属中都路大兴府。二十一年（1284年）改属大都路总管府，至元二十七年（1290年）奉先县改名房山县。

抗日战争和解放战争期间，中国共产党于房山、良乡二县与邻县交界处曾设置以下民主政权。因处战争年代，县政府驻地及区划均不固定。

中华人民共和国成立，良乡县属河北省通县专区，房山县属河北省通县专区，县政府驻房山城。

1958年，原河北省房山、良乡县合并为周口店区。

1960年周口店区改名房山县，归属北京市。

1980年，城关、周口店部分地区约36平方公里划出成立燕山区。

1987年2月，经国务院批准，撤销房山县和燕山区，建立房山区，区政府驻房山，其行政区划为原房山县和燕山区范围。

1986年，撤销房山县、燕山区，设立房山区，以燕山区和房山县的行政区域为房山区的行政区域。

1997年11月17日，国务院批准将房山区人民政府驻地迁至良乡镇。