我公司是一家房地产公司，因为工程质量问题与承包本项目的建筑公司发生纠纷，一直无法做出竣工决算。预付账款也就无法转入开发成本，现在地税部门要求进行清算，我公司是否能将预付账款中已开具建安发票的关于建筑工程的部分计入开发成本,，并按此数字作为开发成本计算土地增值税？这样做可以吗？

　　根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行”。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。因此，贵公司土地增值税清算没有取得合法有效凭证，不能扣除。

　　仅供参考。具体事宜请直接咨询的主管或所在地税务机关咨询。