天文因素。海水在天体（主要是月球和太阳）引潮力作用下产生周期性运动，也就是潮汐。当潮汐比较强的时候，大量海水涌向陆地。由于河流入海口一般是面向海洋的大喇叭口，所以大量海水集中到河口中，提高了河口中水的含盐度。
河流因素。河流上游来水减少，导致河口的水位下降，海水便涌向河口。
气象因素。一方面，咸潮一般发生在降水较少的时候。干旱导致河流水量不足，容易引发海水倒灌。此外，失去了降水的稀释，也会加剧咸潮灾情。另一方面，全球气候变暖、海平面上升加剧咸潮蔓延。例如，一份研究表明，我国珠江三角洲地区的海平面到2030年可能会上升30厘米。如果疏于防范，珠三角地区将遭受更为严重的咸潮、洪水等袭击。
地下水因素。如果河口附近抽取地下水过度，就会导致地下水位下降，海水倒灌。
不过，人为因素也是导致咸潮爆发的重要原因。
一方面是大量采砂。河砂是河床的重要构成要素。河道大量采砂挖深河床，会导致河口内河床逆坡趋陡、纳潮蓄咸容积扩大、潮差变大和潮汐作用增强，以致咸潮进一步向里深入。
另一方面是用水增加。随着江河流域工业规模的扩张，常住人口的增长，沉重的工业和生活用水负担导致江河流量减少，加剧咸潮的入侵。