环境纠纷的行政处理分为申请、受理、审理、决定、执行五个阶段。
（1）环境纠纷当事人一方或双方请求环境行政管理机关处理环境纠纷，应向有权管辖这一纠纷的行政机关提交申请书；
（2）环境纠纷行政管理机关在本机关的管辖范围内，对双方同意请求行政处理的纠纷，可以受理，对不属于本机关管辖的申请，应依法移送或告知申请人到有管辖权的机关请求处理；
（3）环境行政管理机关受理申请并正式立案后，应指定专门机构或成立办案组具体负责案件的审理；
（4）经过审理和调解，如果纠纷当事人达不成和解，环境行政机关应及时做出决定；
（5）经过调处，双方当事人达成和解协议的，或由行政机关做出处理决定的，如果各方当事人均无不服的表示，有义务的一方应按处理决定的要求履行义务。