基因污染是指经过基因改造后的生物由于具有“杂交”优势，当它们回到自然环境中往往会获得更多的生殖机会，同时还有可能对与其相关和相互依存的生物产生影响，破坏原有的生态平衡，进而使被改造过的基因较快地扩散到它的后代中去，使原有种群面临灭种的危险。据报道，转基因鲑鱼生长速度快、体型较大并有抗寒的特点，逃逸大洋中之后，已对北美地区大西洋和太平洋中野生鲑鱼的生态构成威胁；转基因鲑鱼与野生鲑鱼的后代不再具有野生鲑鱼游动敏捷和定期回游的特点。