河流生态系统指河流水体的生态系统，属流水生态系统的一种，是陆地与海洋联系的纽带，在生物圈的物质循环中起着主要作用。河流生态系统水的持续流动性，使其中溶解氧比较充足，层次分化不明显。主要具有以下特点：
（1）具纵向成带现象，但物种的纵向替换并不是均匀的连续变化，特殊种群可以在整个河流中再现。
（2）生物大多具有适应急流生境的特殊形态结构。表现在浮游生物较少：底栖生物多具有体形扁平、流线性等形态或吸盘结构；适应性强的鱼类和微生物丰富。
（3）与其他生态系统相互制约关系复杂。一方面表现为气候、植被以及人为干扰强度等对河流生态系统都有较大影响；另一方面表现为河流生态系统明显影响沿海（尤其河口、海湾）生态系统的形成和演化。
（4）自净能力强，受干扰后恢复速度较快。