在收养关系中发生协议纠纷时，可向拥有管辖权的法院提起诉讼。如果在依法签订的收养协议中已明确约定管辖法院，则以协议约定为准;在没有明确约定的情况下，通常由被告所在地或合同履行地的人民法院管辖。

一、如何确定收养协议纠纷管辖法院

在协议没有明确约定管辖法院时，将由被告所在地或合同履行地法院管辖。

《民事诉讼法》第二十三条：因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

在被告常住地与住所地不同的情况下，由常住地人民法院管辖。

《民事诉讼法》第二十一条：对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。

对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。

同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。

同时，《民事诉讼法》也规定了可由原告住所地或经常居住地人民法院管辖的情况：

《民事诉讼法》第二十二条：下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖;原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖：

(一)对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼;

(二)对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼;

(三)对被采取强制教育措施的人提起的诉讼;

(四)对被监禁的人提起的诉讼。

二、收养协议的效力

《民法典》第一千一百零五条规定：收养应当向县级以上人民政府民政部门登记。收养关系自登记之日起成立。

收养查找不到生父母的未成年人的，办理登记的民政部门应当在登记前予以公告。

收养关系当事人愿意签订收养协议的，可以签订收养协议。

收养关系当事人各方或者一方要求办理收养公证的，应当办理收养公证。

县级以上人民政府民政部门应当依法进行收养评估。

因此，若要建立收养关系必须在相关民政部门登记，公民私下签订的收养协议是不具备法律效力的。如果合法建立收养关系后发生协议纠纷，一般情况下将由被告所在地或合同履行地的人民法院管辖。如果被告常住地与住所地不同，则由常住地人民法院管辖。