单位犯罪双罚制的缺点是没有明确犯罪的主体是单一还是复合。立法本意应该是指单一犯罪主体。也就是说，只有在单位构成犯罪并被追究刑事责任的情况下，才能追究其直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任。根据刑法规定，对犯罪的单位判处罚金。对于在共同犯罪中起主要作用单位的处罚的罚金应高于起次要作用的单位，这是处罚单位共同犯罪的原则。

一、单位犯罪双罚制的缺点是什么?

从“单位犯罪的，对单位判处罚金，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚”的表述上分析，立法本意应该是指单一犯罪主体。也就是说，只有在单位构成犯罪并被追究刑事责任的情况下，才能追究其直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任。单位和其直接负责的主管人员及其他直接责任人员之间的关系是依附和被依附的关系，有“皮之不存，毛将焉附”的意思。从这个意义上讲，在犯罪单位的主体资格消灭后，不再追究“单位”的刑事责任的情况下，再单独追究“单位”直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任也就丧失了法律上的依据。

二、双罚制有哪些合理之处?

双罚制又称为两罚制，是指单位犯罪中既对单位判处罚金，又对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。根据刑法规定，对犯罪的单位判处罚金。对于在共同犯罪中起主要作用单位的处罚的罚金应高于起次要作用的单位，这是处罚单位共同犯罪的原则。

双罚制是一种较为合理且有效的处罚单位犯罪的制度。

1、双罚制是对单位组织体的犯罪行为的综合性的全面处罚。这种处罚，最后必然要直接或间接地落到单位内部成员的头上，根据单位内部成员在单位犯罪中所处的地位和作用不同，使他们分担不同的责任，不但合理而且公正。

2、双罚制符合我国刑罚体系的特点。我国的刑罚体系是由主刑(生命刑和自由刑)和附加刑(财产刑和资格刑)所组成的一个科学的多样化的结构体系。双罚制和我国刑法关于主刑和附加刑可以同时适用的精神是一致的。

3、双罚制有利于实现我国刑罚的目的，对于单位犯罪的特殊预防和一般预防都有十分重要的作用。

综上所述，在单位犯罪中，法院作出处罚往往是针对单位的罚金和直接负责人的判刑，这种双罚制广泛存在于刑事犯罪活动中。这种制度在实践中发生了巨大作用，但是本身也存在一定缺陷。双罚制没有就犯罪主体作出清晰表示，这会导致单位破产后，直接负责人逃避刑事责任的情况发生。