检察院存疑不起诉是合理的。检察院基于办案期限，为保障人权，作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到或者证据链完整，检察院还是可以重新发起诉讼的。检察院做出不起诉决定，公安机关就应该释放嫌疑人。

一、检察院存疑不起诉合理吗?

存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。

司法实践中，常有一些案件，由于关键证人短期内无法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情况下，往往很难排除一些合理怀疑，而基于办案期限，为保障人权，只能作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到，或者共犯被抓获，案情就会显得清清楚楚，此时如能证实原先被不起诉的犯罪嫌疑人有罪而不将其交付审判，实有悖“违法必究”和“法律面前人人平等”的原则。

二、存疑不起诉的情况有哪些?

根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

1、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;

2、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;

3、据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;

4、根据证据得出的结论具有其他可能性的。

三、绝对不起诉的适用情形有哪些?

绝对不起诉适用于以下七种情形：

1、犯罪嫌疑人没有犯罪事实的;

2、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;

3、犯罪已过追诉时效期限的;

4、经特赦令免除刑罚的;

5、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;

6、犯罪嫌疑人、被告人死亡的;

7、其他法律规定免予追究刑事责任的。

综上所述，在刑事案件办理过程中，有权作出起诉决定是检察院。除了法定不起诉，检察院还可以针对案情模糊，证据不清的存疑不起诉，这都是合理的。毕竟办案是靠证据说话，如果证据有异议，贸然起诉可能对被告的合法权益产生损害，甚至导致冤假错案发生。