审查起诉阶段疑罪从无要做出不起诉处理。刑事诉讼程序为侦查、审查起诉、审判三个阶段，刑事诉讼法对疑罪从无原则在这三个阶段的适用分别规定了不同的处理方式。审查起诉是检察院办案的阶段，认为犯罪证据不足，事实不清的，应当不予起诉。

一、审查起诉阶段疑罪从无怎么处理?

我国刑事诉讼程序为侦查、审查起诉、审判三个阶段，刑事诉讼法对疑罪从无原则在这三个阶段的适用分别规定了不同的处理方式，这些处理方式的差异有其合理性，但也存在缺陷。审判阶段是适用疑罪从无的典型阶段，审查起诉阶段检察机关享有选择适用疑罪从无的原则的权利。刑事诉讼法第一百七十一条第四款规定，“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”检察机关享有的不起诉权即是无罪认定权，行使这项权利即是适用疑罪从无原则。须注意的是，新修订的刑事诉讼法，在这里使用的是“应当”而不是“可以”，这充分体现了我国的法律发展对疑罪从无的原则的进一步肯定。

二、哪些情况下不追究刑事责任?

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

1、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;

2、犯罪已过追诉时效期限的;

3、经特赦令免除刑罚的;

4、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;

5、犯罪嫌疑人、被告人死亡的;

6、其他法律规定免予追究刑事责任的。

三、检察院起诉的条件是什么?

人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。

有罪推定，是指刑事诉讼中，侦查机关对犯罪嫌疑人立案、侦查，收集、调取有罪证据的行为。公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。对现行犯或者重大嫌疑分子可以依法先行拘留，对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人，应当依法逮捕。

综上所述，刑事案件办理有严格程序，先是公安机关侦查，之后检察院审查。检察院主要从犯罪证据、是否追责、公安机关办案是否合法上面审查，要遵循疑罪从无的原则，对于犯罪事实不清楚的，不能起诉。在最大程度保证当事人的合法权益。