申请刑事赔偿的程序是当事人先向赔偿义务机关提出申请，赔偿义务机关收到刑事赔偿以后的两个月之内作出是否赔偿的决定并书面通知当事人，如果申请人对赔偿义务机关的决定有争议的，可以在收到通知书以后的三个月之内向法院起诉。

1、提出赔偿申请

赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出。

行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。

申请赔偿人应当按要求递交申请书，申请书应当载明下列事项：

(一)受害人的姓名、性别、年龄、工作单位和住所，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务;

(二)具体的要求、事实根据和理由;

(三)申请的年、月、日。

赔偿请求人书写申请书确有困难的，可以委托他人代书;也可以口头申请，由赔偿义务机关记入笔录。

2、赔偿义务机关作出决定

赔偿义务机关应当自收到申请之日起2个月内，作出是否赔偿的决定。赔偿义务机关作出赔偿决定，应当充分听取赔偿请求人的意见，并可以与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额依照《国家赔偿法》第四章的规定进行协商。

赔偿义务机关决定赔偿的，应当制作赔偿决定书，并自作出决定之日起10日内送达赔偿请求人。

赔偿义务机关决定不予赔偿的，应当自作出决定之日起10日内书面通知赔偿请求人，并说明不予赔偿的理由。

3、向人民法院提起诉讼

(1)赔偿义务机关在规定期限内未作出是否赔偿的决定，赔偿请求人可以自期限届满之日起3个月内，向人民法院提起诉讼。

(2)赔偿义务机关作出不予赔偿的决定的，赔偿请求人可以自赔偿义务机关作出不予赔偿决定之日起3个月内，向人民法院提起诉讼。

(3)赔偿义务机关作出赔偿决定，但赔偿请求人对赔偿的方式、项目、数额有异议的，赔偿请求人可以自赔偿义务机关作出赔偿决定之日起3个月内，向人民法院提起诉讼。

刑事赔偿隶属于国家赔偿，刑事赔偿的主体包括公安机关，人民检察院和人民法院，在申请刑事赔偿之前，申请人得先确认了是哪个机关侵犯到了自己的合法权益，比如检察院批捕后又不提起公诉的，那么检察院就是赔偿义务机关。