后果是检察院应该做出不起诉的决定。检察院将案件第二次退回公安机关补充侦查后，如果认为案件还是证据不足的，如果不符合法定起诉的条件，检察院应作出不起诉的决定。第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

退补到检察院审查起诉的后果有什么?

后果是检察院应该做出不起诉的决定。检察院将案件第二次退回公安机关补充侦查后，如果认为案件还是证据不足的，如果不符合法定起诉的条件，检察院应作出不起诉的决定。第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

一、检察院二次退补的后果

检察院将案件第二次退回公安机关补充侦查后，如果认为案件还是证据不足的，如果不符合法定起诉的条件，检察院应作出不起诉的决定。

依据《中华人民共和国刑事诉讼法》

第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

二、刑事证据收集的原则

1、全面取证规则。即司法人员在调取证据时，应当尽可能的全面调取能够证明案件真实情况的一切事实材料，证据形式不仅要穷尽刑诉法第四十二条规定的七种证据形式，还要尽可能地全面调取被告人有罪、无罪、罪轻、罪重的证据材料。只有这样才能更加清楚的查明案件事实，也是确保正确判案的前提。全面取证规则在我国刑事诉讼法律法规和司法解释中已作了详尽的规定。

2、合法取证规则，即要求取证主体合法、程序合法、方法得当。主体合法要求证据的调取人必须具有合法的身份。如调取证人证言时，必须有两名以上司法工作人员调取;辩护律师向被害人及其近亲属、被害人提供的证人收集与本案有关的材料，必须征得人民法院的准许;司法人员制作书证的副本、复制件、拍摄物的照片、录像以及有关证据录音时，制作人不得少于二人;生理上、精神上有陷缺或者年幼，不能辩别是非，不能正确表达的人不能作证人等。

3、反对强迫自证其罪规则。在刑事诉讼中，控方对自己提出的主张或控告的事实负有提供证据加以证明的责任。如果控方举证不足，则将承担其主张或控告的事实不能成立的法律后果。被告人不负证明其有被控告的犯罪事实的责任。

刑诉法规定被告人可以提出证明自己无罪或罪轻的材料和意见，这种由被告人提出的材料和意见是法律赋予被告人的辩护权，而不是义务，被告人可以行使，也可以放弃。因此被告人可以拒绝回答与案件事实有关的问题，控方不得强迫被控告人开口，更不能以暴力、威胁、利诱和其他非法方法迫使被控告人作有罪陈述。

综上所述，检查机关在接受到案件之后，要在第一时间检查案件的侦查程度，看是否有遗漏的细节，如果发现有纰漏的地方，要及时将案件重新送回公安机关，将疏漏的地方及时补全，这样再重新移交检查机关。检查机关在这时就可以重新将案件定罪并进行起诉。