妨碍公务批捕后的程序会由公安机关进行下一步的形式侦查，当确定了犯罪证据以后公安机关就会将案件移送到检察院，检察院会对案件进行审查起诉，符合起诉条件的就会向法院提起公诉。

一、妨害公务批捕后的程序是怎样的

检察院批捕后，公安机关继续刑事侦查。

1、对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。

2、公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。

3、人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。

4、人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。 对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

5、人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。

6、人民法院审理公诉案件，应当在受理后一个月以内宣判，至迟不得超过一个半月。

二、不批准逮捕

根据刑事诉讼法和《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，人民检察院审查案件后作出的不批准逮捕决定有以下三种：

1.不符合逮捕条件的不批准逮捕。不符合逮捕条件的不批捕，是指不符合刑事诉讼法规定的逮捕条件，人民检察院应当作出不批准逮捕的决定。

2.具有法定不追诉情形的不批准逮捕。对于具有刑事诉讼法第15条规定的不应追究刑事责任情形之一的，人民检察院亦当作出不批准逮捕的决定。刑事诉讼法第15条规定的情形是：

(l)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;

(2)犯罪已过追诉时效期限的;

(3)经特赦令免除刑罚的;

(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;

(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;

(6)其他法律规定免予追究刑事责任的。

3.证据不足的不批准逮捕。人民检察院对案件进行审查后，发现证据和犯罪事实均未达到批准逮捕所要求的程度，应当作出不批准逮捕的决定。所谓证据不足，是指案卷中现已收集到的证据不能够达到证明犯罪嫌疑人有犯罪事实的程度，需要进一步补充侦查。

4.对未成年犯罪嫌疑人的不批准逮捕。为切实保障未成年犯罪嫌疑人的合法权益，贯彻落实对未成年犯罪嫌疑人实行教育、感化、挽救的方针，坚持教育为主、惩罚为辅的原则。对未成年犯罪嫌疑人，应当根据未成年犯罪嫌疑人涉嫌犯罪的事实、主观恶性、有无监护与社会帮教条件等，综合衡量其社会危险性，确定是否有逮捕必要，慎用逮捕措施，可捕可不捕的不捕。有如下情形时可不批准逮捕：

(1)对于罪行较轻，具备有效监护条件或者社会帮教措施，没有社会危险性或者社会危险性较小，不会妨害诉讼正常进行的未成年犯罪嫌疑人，一般不予批准逮捕。

(2)对于罪行比较严重，但主观恶性不大，有悔罪表现，具备有效监护条件或者社会帮教措施，不具有社会危险性，不会妨害诉讼正常进行，并具有下列情形之一的未成年犯罪嫌疑人，也可以依法不予批准逮捕：

①初次犯罪、过失犯罪的;

②犯罪预备、中止、未遂的;

③有自首或者立功表现的;

④犯罪后能够如实交代罪行，认识自己行为的危害性、违法性，积极退赃，尽力减少和赔偿损失，得到被害人谅解的;

⑤不是共同犯罪的主犯或者集团犯罪中的首要分子的;

⑥属于已满14周岁不满16周岁的未成年人或者系在校学生的;

⑦其他没有逮捕必要的情形。

(3)对难以判断犯罪嫌疑人实际年龄，影响案件认定的，应当作出不批准逮捕的决定，需要补充侦查的，同时通知公安机关。

综上所述，嫌疑人确定被批捕以后，那么公安机关就会对该案件进行立案侦查，搜集到相关证据之后会由检察院来决定是否进行起诉，只有在证据充分满足证明嫌疑人的罪行的时候，检察院才会正式向人民法院提起公诉。