员工违反保密协议造成严重后果的，构成侵犯商业秘密罪，这样就要承担刑事责任，根据《刑法》规定，对构成侵犯商业秘密罪的当事人，量刑是3年以下有期徒刑，如果有情节严重，则判刑的区间在3年到7年。

一、违反保密协议的刑事责任是什么?

违反保密协议可能产生三种责任，民事责任、行政责任和刑事责任。 违反保密协议首先要承担的是民事责任。保密协议是用人单位与劳动者就保守用人单位商业秘密而达成的合意，合法的保密协议受到法律的保护，当事人应当认真履行，不得违反。如当事人未履行保密协议规定的义务，不论是否给用人单位造成了实际损失，都是对保密协议的违反，应当承担违约责任，而违约责任是民事责任的一种。

根据《刑法》的有关规定，如有以下行为，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。

1、以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获得权利人的商业秘密的;

2、披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密，  

3、违反约定或者权利人有关保守商业秘密的要求，披露，使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。

二、侵犯商业秘密的立案标准是什么?

侵犯商业秘密.涉嫌下列情形之一的，应予追诉：

1、给商业秘密权利人造成直接经济损失数额在50万元以上的;

2、致使权利人破产或者造成其他严重后果的。

立案标准第1项规定，“给商业秘密权利人造成直接经济损失数额在50万元以上”的，应当立案追究。

立案标准第2项规定，“致使权利人破产或者造成其他严重后果的”。应当立案追究。这里“致使权利人破产”，是指由于行为人侵犯商业秘密的行为导致享有商业秘密所有权、使用权的公司、企业破产的情形。

综上所述，有些企业会和入职的员工签订保密协议，员工应当遵守协议内容，如违反，则要承担法律责任，包括民事行政乃至刑事责任。员工违反保密协议严重的构成侵犯商业秘密罪，这样被追究刑责，判刑较轻的是拘役，最高可以判七年有期徒刑。