徇私舞弊抵扣税款罪应当是按照5年以下的有期徒刑或者是拘役来进行处罚，如果因为这样的一种行为致的利益造成特别重大损失的，将会以上有期徒刑进行惩罚。这是根据《刑法》第405条当中所作出的规定。

一、徇私舞弊抵扣税款罪如何处罚?

徇私舞弊抵扣税款罪应当是按照5年以下的有期徒刑或者是拘役来进行处罚，徇私舞弊抵扣税款罪的判刑，是根据《刑法》第四百零五条【徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪】税务机关的工作人员违反法律、行政法规的规定，在办理发售发票、抵扣税款、出口退税工作中，徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役;致使国家利益遭受特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。

【违法提供出口退税证罪】其他国家机关工作人员违反国家规定，在提供出口货物报关单、出口收汇核销单等出口退税凭证的工作中，徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的，依照前款的规定处罚。

二、徇私舞弊抵扣税款罪与它罪的区别是什么?

(一)区分罪与非罪的界限

认定徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪与非罪的界限，除认真把握法律对本罪主体、主观方面、客观方面的规定外，还要注意查明是否致使国家利益遭受重大损失。只有致使国家利益遭受重大损失的行为，才构成本罪。对于虽违法办理了发售发票、抵扣税款、出口退税，但被及时发现，没有造成损失的，不以犯罪论处，而应由有关主管部门依法追究其行政责任。

(二)区分本罪写诈骗罪、骗取国家出口退税款罪、偷税罪、非法出售增值税专用发票罪等犯罪的界限

行为人和办理发售发票抵扣税款、出口退税工作中的徇私舞弊行为，往往会在实际上为他人实施诈骗、骗取国家出口退税款、偷税、非法出售增值税专用发票等犯罪起到帮助作用，因此，必须注意划清本罪与这些犯罪的界限，其关键在于查明行为人主观上是否与这些犯罪分子具有共同的犯罪故意。如果查明行为人主观上与诈骗、骗取国家出口退税款等犯罪分子具有共同犯罪的故意而相互勾结，那么，其在客观上所实施的非法办理发售发票、抵扣税款、出口退税行为就属于诈骗、骗取国家出口退税款等犯罪的帮助犯，应当以这些犯罪的共犯定罪处罚，而不再按本罪处罚。

在当代的社会如果存在徇私舞弊抵扣税款这种行为的话，将会按照我们国家《刑法》当中的规定对此进行一定的处罚，通常情况之下是需要按照5年以下的有期徒刑来进行处罚的，当然的，这也是需要根据所造成的后果严重程度来做出一个不同的处理，比如说遭受重大损失的情况之下，将会按照5年以下有期徒刑的处罚。