申请做笔迹鉴定时，也不是必须由法院指定鉴定机构，根据《民事诉讼》法的规定，笔迹鉴定机构是可以由原被告协商确定的，但双方协商确定的鉴定机构也必须具有相应的鉴定资格，如果双方协商不成，可以由法院指定鉴定机构。

一、笔迹鉴定可以不用法院指定鉴定机构吗?

笔迹鉴定不一定需要法院指定鉴定机构，申请笔迹鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人;协商不成的，由人民法院指定。

《民事诉讼法》

第七十九条，当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人;协商不成的，由人民法院指定。

当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

二、笔迹鉴定的流程有哪些?

1、由一方当事人在举证期前向法院提起申请;

2、经过双方当事人质证，确定提供鉴定的样本;

3、由双方协商选定或摇号选定鉴定机构;

4、鉴定机构接收后鉴定申诉后，凭借自己专业技术及依法做出鉴定意见;

5、双方当事收到鉴定意见后对鉴定结论有异议的，还可以申请重新鉴定。

三、可以重新申请做笔迹鉴定的情形有哪些?

(一)原司法鉴定人不具有从事委托鉴定事项执业资格的;

(二)原司法鉴定机构超出登记的业务范围组织鉴定的;

(三)原司法鉴定人应当回避没有回避的;

(四)办案机关认为需要重新鉴定的;

(五)法律规定的其他情形。

四、笔迹鉴定需遵守哪些基本原则?

1、合法性原则。

合法性原则，是指司法鉴定活动必须严格遵守国家法律、法规的规定。

2、独立性原则。

司法鉴定活动坚持独立性原则，是由于科学技术自身的特殊性和鉴定结论的证据要求所决定的。

3、客观性原则。

司法鉴定的客观性是鉴定活动的生命。其根本要求，就是鉴定结论的真实性和全面性。

综上所述，申请做笔迹鉴定的，鉴定机构正常情况下是先由双方协商确定的，由人民法院指定鉴定机构是建立在双方协商不成的基础上。笔迹鉴定结论可以作为相关的证据材料使用，一般申请笔迹鉴定的要在举证期限届满前提出。