超过诉讼时效与法定抵销权的行使是可以适用的，我国法律上对于起过诉讼时效的认定是并不没有对抗该诉讼事由的，如果可以对法定抵销权进行适用的，那么在法律上也是可以进行合法的处理的。

超过诉讼时效与法定抵销权的行使可以适用吗?

超过诉讼时效与法定抵销权的行使可以适用，超过诉讼时效并未使债权归于消灭，此时的债权是一种自然状态下的债权，债务人依旧需要偿还债务，债权人接受债务人的偿债行为依旧有事实依据，而且，按照“法无禁止即可为”的原则，法律并未明确规定超过诉讼时效的债权不能用于抵销。所以，有专业人士认为，超过诉讼时效的债权依旧可以用于抵销。

首先，在实体法上，超过诉讼时效的债权依旧是客观存在的债权，只是影响胜诉权而已，也就是说债权人无法通过法律手段实现其权益，该债权只是一种自然债权，债务人依旧需要偿还债务，只是在维权手段上对债权人进行了缩小。

其次，在程序法上，关于诉讼时效的抗辩，法院是不能明示的，也就是说如果当事人双方均未提出诉讼时效抗辩，法院依旧要对债权债务关系进行确认。同时依据《最高人民法院关于超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议是否应当受法律保护问题的批复》“对超过诉讼时效期间，当事人双方就原债务达成还款协议的，应当予以保护。”因此，可以看出，超过诉讼时效的债权并未归于消灭，而且在特定条件下法律依旧会赋予其胜诉权。

第三，在法条本身上，《合同法》第九十九条“当事人互负到期债务”，对“债务”作出的限制为“到期”。法律并未对“到期”做出时间上的限制。而事实上，超过诉讼时效的债权也是到期的债权，与法律规定并无矛盾。《合同法》第九十九条“当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。”

在司法实践中，对于超过诉讼时效的相关案件，司法机关是可以不予受理的，但相关诉讼情况还是存在的，如果对相关情况的处理不清楚的，还需要追究相关人员的法律责任，具体情况下可以依据上述法律规定的标准来进行处理的。