农业行政处罚案件立案条件是做成违反行政管理秩序的行为，如果行政在二年内发现了其违法行为或接到举报的，应该依法立案审理;如果违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚;但是如果是涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。

行政处罚可以当场作出的行政处罚行政工作人员发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据;必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。符合立案标准的，行政应当及时立案。

1、是发现违法行为;

2、是执法工作人员认为应当给予行政处罚。这里第一个条件“发现违法行为”其发现的来源可以是：检查中发现、群众举报、控告、上级交办、下级报办、其它部门移交及违法嫌疑人主动交代等;这里的“违法行为”不是指已经过法定程序确认的违法行为，只要求简单的符合违法行为构成要件即可，包括有明确的涉嫌违法嫌疑人、有客观的违法事实及初步的证据资料等。第二个条件“应当给予行政处罚”，应理解为首先违法行为属于本行政执法工作人员的管辖范围，包括地域管辖范围、职权管辖范围、级别管辖范围;其次，对该违法行为，如果一旦查证属实，应有明确的法律依据及制裁后果(即有违则，有相应的法则)。总结起来，立案的具体可操作的条件有：

1)有明确的违法嫌疑人;

2)有确定的违法事实(包括初步证据和可能违反的法律条款);

3)属于本行政执法工作人员的管辖范围。以上三个条件缺一不可。

《刑事诉讼法》第一百一十二条

人民法院、人民检察院或者公安执法工作人员对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。

依据法律规定，行政处罚可以当场作出的行政处罚外，发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据;必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。