处理行政案件时，管辖权发生争议，可以协商解决，若是协商不成，可以由上级法院指定管辖，人民法院受理行政案件后，当事人有权提出管辖权异议，要提交书面的申请书，法院会对异议进行审查。

一、行政管辖权发生争议怎么办?

行政诉讼中对法院管辖权有争议的，可以协商解决，协商不成的由上级法院指定管辖。因共同管辖发生争议的，有关法院可以协商。协商不成的，由共同的上级人民法院指定管辖。对此，《行政诉讼法》第22条第2款规定：人民法院对管辖权发生争议，由争议双方协商解决。协商不成的，报它们的共同上级人民法院指定管辖。

人民法院发现受理的案件不属于本院管辖的，应当移送有管辖权的人民法院，受移送的人民法院应当受理。受移送的人民法院认为受移送的案件按照规定不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。

行政处罚管辖权发生争议的，由最先立案的行政机构管辖，行政机构对管辖权发生争议的，应当协商解决，协商不成的，应当报请共同的上一级行政机构指定管辖。也可以直接由共同的上一级行政机构指定管辖。

二、提出管辖权异议的条件是什么?

提出管辖权异议的，一般有以下的3个条件，分别是：

1、人民法院已经受理案件，但还没进行实体审理。没有受理的案件或者已经进入实体审理的，不得提出管辖权异议;

2、管辖权异议只能对第一审法院提出，对于第二审法院不得提出管辖权异议;

3、提出管辖权异议的主体，必须是案件当事人。

管辖权异议就是指当事人认为受移送的法院对案件没有管辖权时，向上诉法院或者移送法院提出的意见。如果是公民提交的民事诉讼，应该由被告住所地的人民法院进行管辖案件;如果被告居住地和经常居住地不一样的，应该是经常居住地的法院进行管辖案件。

行政管辖权发生争议，可以协商解决，管辖权异议只能对第一审法院提出，对第二审法院来说，不能提出管辖权异议，提出异议的主体必须是案件的当事人，其他人无权向法院提出管辖权异议，法院审查之后认为异议不成立的，会驳回异议请求。