流脑常易与化脓性脑膜炎，结核性脑膜炎，流行性乙型脑炎相混淆。流脑是化脓性脑膜炎的一种，它是由脑膜炎双球菌所引起。除脑膜炎双球菌外，有不少其他细菌也能引起比脓性脑膜炎，常见的有肺炎球菌，流感杆菌。化脓性脑膜炎除流脑外，一般无流行趋势，皮疹甚少见，然而，它们的预后较流脑为差，必须早期明确诊断，并选择最有效的抗生素，脑脊液直接涂片寻找病原菌是最有效而简便的鉴别方法。