克恩塞尔综合征的病因尚不清楚，目前有两种看法：（1）是线粒体功能的原发障碍，主要为线粒体基因或核质体的原发性异常，常由遗传所致；（2）是线粒体功能的继发性障碍，为一种自身免疫性疾病。晚近有人认为本综合征可能是反复的病毒感染所致，与维生素E不足有关；除线粒体的异常外，还有脂类过量堆积，而这些异常是由于棕榈酰辅酶A合成缺陷。这种酶的异常可能为继发性，在受损严重的病人中，棕榈酰辅酶A合成的基本要素结合性磷脂被耗竭，从而使线粒体结构紊乱，脂类过量堆积，导致神经系统、肌肉、心脏传导系统、肾及内分泌的改变。而心脏方面主要表现为心脏传导阻滞，少数患者可有预激综合征等心律失常、心脏停搏。