溶组织内阿米巴包囊随宿主粪便排出体外,随被四核包囊污染的食物或饮水而进入人体,在人体小肠中,在胰蛋白酶的作用下四核滋养体脱囊而出,随肠蠕动进入大肠,并在下移过程中分裂为4个小滋养体,定居于结肠粘膜皱褶或肠腺窝处,以摄取细菌及食物残渣为生,进行二分裂繁殖。部分小滋养体,由于肠内环境改变,小滋养体逐渐团缩,形成包囊混于宿主粪便排出,故溶组织内阿米巴生活史的基本过程是包囊-小滋养体-包囊。
当宿主机体抵抗力降低、肠功能紊乱以及肠壁受损时,小滋养体可侵入肠壁组织中,吞噬红细胞和组织细胞,转变为组织型大滋养体,并大量繁殖,不断破坏和溶解肠壁组织,形成肠壁溃疡。部分大滋养体可随溃疡组织落入肠腔,随宿主粪便排出。在肠壁内的大滋养体有时可随血流至肝、肺、脑等部位寄生繁殖。大滋养体不能直接形成包囊,当离开肠壁组织落入肠腔,则可转变为小滋养体。大、小滋养体随人粪排出后迅速死亡。包囊对外界环境有较强的抵抗力,存活时间较长。