对于病态窦房结综合征进行药物治疗常较困难，因为：①治疗快速性心律失常的药物如洋地黄、奎尼丁、普鲁卡因酰胺及β-受体阻滞剂等常可诱发过缓的心律失常；反之，治疗缓慢性心律失常的药物如异丙肾上腺素或麻黄素等，常可诱发快速心律失常，包括快速室性心律失常。②治疗缓慢性心律失常的药物如异丙肾上腺素及阿托品等，常缺乏长期治疗作用。③各种抗心律失常药物常有明显和不能耐受的副作用。故在药物治疗中要把握时机及控制剂量。
　　（1）心动过缓的治疗：主要是提高基础心率，预防阿—斯综合征的发生。
　　①阿托品：0.3～0.6毫克，2～6小时1次；必要时可肌肉注射，0.5～1毫克/次；紧急情况下可静脉注射1～2毫克，每1～2小时1次。
　　②异丙肾上腺素：10毫克，2～6小时1次，舌下含用；紧急情况下，可用1毫克溶于5%葡萄糖溶液250～500毫升中静脉滴注，其滴注速度以1～2微克/分为宜。但当窦房结暂停或窦房传导阻滞系药物诱致时，以不用异丙肾上腺素为好，因它有诱发房性心动过速或心房颤动的可能。
　　③麻黄素：25毫克，每日3～4次。
　　④烟酰胺
　　A作用：作用机理可能与下述因素有关：
　　烟酰胺主要存在于线粒体内，在生物氧化过程中起递氢作用，即烟酰胺可影响能源的产生；由于窦房结及传导系统中电活性细胞的线粒体比心肌工作细胞中的线粒体明显少而小，如在缺血、缺氧或炎症时，线粒体受损，发生能量供应障碍，就可影响传导功能。烟酰胺的补充可使呼吸链的成分增加，促使受损的线粒体产生足够的能源，从而使传导功能及自律活动恢复；烟酰胺有促进钙离子内流的作用。
　　B用法及剂量：烟酰胺300～400毫克，溶于10%葡萄糖溶液250毫升中静脉滴注，每日1次；亦可用300～400毫克，溶于50%葡萄糖溶液60毫升中，缓慢静脉注射，每日1次。
　　⑤中药：中药生脉散有改善窦房结的供血，增强窦房结的自律性及改善加速传导的作用。中医辨证施治原则如下：
　　心悸、气短、盗汗、失眠、健忘、口渴、口干、四肢微冷、舌尖红、苔薄白、脉细结代，证属气阴两虚。治宜养阴益气。方用麦冬9～30克，五味子9克。一般先予生脉散注射液40～120毫克，加入10%葡萄糖溶液250～500毫升中静脉滴注；或用5～10毫升，每4～6小时静脉注射1次。病情好转后改为口服。
　　如兼有血瘀，加血府逐瘀汤，或川芎、红花、赤芍、降香、丹参。兼有痰湿者，加二陈汤，或瓜蒌、半夏、南星、竹茹等。兼心肾阳虚者，加右归饮、参附汤、麻黄附子细辛汤或人参、附子、麻黄、桂枝、淫羊藿、生熟地。
　　（2）心动过缓—心动过速综合征的治疗：此类患者因突然发作室上性快速性心律失常或心率骤然减慢和心搏骤停而引起头晕、心悸、胸闷，乃至晕厥发作。终止心动过速及晕厥发作为药物治疗的目的。
　　①奎尼丁
　　A作用：奎尼丁可减慢钠离子进入细胞，从而抑制舒张期自动除极；此外，并可将细胞内阈电位移向0，因而可减低起搏组织的自发频率，从而抑制自律性，导致窦房结冲动形成减少。故一般认为病态窦房结综合征病人用奎尼丁治疗室上性快速心律时，可显著抑制窦房结活动或造成高度窦房阻滞。但若剂量掌握得当，奎尼丁并不扰乱窦房结的自律性。其机理可能为：正常心肌细胞的传导速度随奎尼丁浓度的增高而逐步减低，但若奎尼丁的血药浓度始终保持在治疗范围内（2～6微克/毫升），则不可抑制窦性节律；奎尼丁尚有间接的抗乙酰胆碱作用，这种去迷走作用可以增加窦房率；窦房结疾病常伴有心房壁纤维化，窦房结血供不足亦可导致窦房结功能失调。广泛的窦房结周围纤维化或窦房结缺血，有可能防止窦房结内有足量的药物浓度，故奎尼丁对病态窦房结综合征病人并非禁忌，当发生快速心律失常需要治疗时，可谨慎应用。
　　B用法及剂量：每日25毫克/公斤体重，分4次口服。
　　②乙胺碘呋酮
　　A作用：乙胺碘呋酮可延长校正的窦房结恢复时间，因而抑制窦房结的自律性。窦性心动过缓、窦房传导阻滞及窦房结暂停亦是较为常见的副反应。但这些副反应的发生，均与乙胺碘呋酮的剂量密切相关。若每日采用较小剂量，则既可达到控制快速心律失常的目的，又不会发生明显症状性心动过缓或其他严重心脏副反应。
　　B剂量及用法：0.2克，每日1～2次；有效后减为0.1克，每周用5日，停2日。
　　对不伴房性快速心律失常的病人，若药物治疗无效且症状严重者，宜装置按需型人工心脏起搏器。心动过缓—心动过速综合征的病人也可根据症状装置按需人工心脏起搏器，并在起搏器控制心室的条件下加用抗心律失常药物，控制快速心律失常。
　　③病态窦房结综合征合并心力衰竭：宜首先试用利尿剂或血管扩张剂，不可轻易使用洋地黄，以免诱发过缓的心律失常及阿—斯综合征。有必要用洋地黄者，最好在安装人工心脏起搏器之后使用。