（1）内共生假说主张，祖先原核细胞是厌气性的，具有内吞固体物的能力。祖先原核细胞吞入好气性原核细胞，彼此建立了互利的内共生关系。宿主为内共生体提供了营养条件和保护环境，内共生体则为厌氧宿主体提供了产能的有氧呼吸反应。当环境由无氧大气变为有氧大气时，这种共生关系使宿主获得了极大的好处。

　　（2）分隔假说主张，叶绿体和线粒体是祖先原核细胞生物细胞质中被膜分隔出来的部分。细胞被包围到不同部分中，而产生了核、线粒体、叶绿体。现在，普遍认同内共生假说。