叶绿体起源于原核绿藻和蓝细菌是内共生起源学说的观点，其依据：
（1）叶绿体的基因组都是由裸露的环状双螺旋DNA分子所组成，没有膜把其与周围的细胞质隔开，而真核细胞的基因组是由两个或多个线性DNA分子所组成，DNA与蛋白质结合成染色质。
（2）叶绿体的核糖体的蛋白质合成均可受氯霉素的抑制，而真核细胞蛋白质的合成对这种抗菌素不敏感。反之，亚胺环己酮能抑制真核细胞核糖体的蛋白质合成，而对叶绿体的核糖体的蛋白质合成无抑制。
（3）光合作用所需的酶存在于细胞器的膜上和基质中，细菌的同样存在于质膜上和细胞质基质中。但真核细胞是靠其细胞器光合作用过程来满足自身的需要。
（4）叶绿体的基因组和光合系统同有氧光合作用的原核生物极为相似。
