1．选择好堆肥地点。为了加快秸秆的发酵速度，堆制场地最好选择在背风向阳的地方，同时，在场地四周设上围障，这样既能提高环境的温度，又能防止畜禽的祸害，保证秸秆肥的堆制质量。
2．搞好玉米秸秆的处理。首先把玉米秸秆切成3厘米--4厘米的段或粉碎，但不要过碎，然后用人粪尿或稀释的畜禽粪汤浸透。
3．原料配比要适当。堆制玉米秸秆肥原料配比很关键。配方是：7份长度为3厘米左右的玉米秸秆、2份畜禽粪、1份人粪尿；或是切碎的玉米秸秆：土：牲畜粪：人粪尿=6：1：2：1；或是500千克切碎的玉米秸秆、100千克其他作物秸秆、100千克土、200千克牲畜粪、100千克人粪尿混拌均匀后进行堆制发酵。不管采取哪一种方法，秸秆和水的比例都应以1：3为宜。
4．选择适宜的堆制方法。把备好的原料用足量的水浇透拌均匀后，进行堆制，如气温在0摄氏度以上时可用热水升温，低于0摄氏度时要点火升温，首先在底部堆一车马粪，在马粪中间扒个坑，坑内放些干柴，点燃，然后再压上20厘米左右的其他作物秸秆，见到烟后再盖上一层马粪，待堆的周围都冒热气时，再往堆的四周添加已拌好的配料。一次添料不可过多，哪里冒热气就往哪里添加原料，不冒热气不能添加原料。同时，要做到尽量堆大堆，以加快发酵速度。堆高一般应为1．5米左右。
5．严格控制堆内温度。一般在堆后7天左右堆内就开始发热，不久将会出现高温。在发酵期间温度应控制在50摄氏度--60摄氏度，这对纤维分解细菌活动最为有利。如果温度超过70摄氏度时，这种细菌活动就会停止，因此，在堆制时首先必须将玉米秸秆浸透水分，以软化秸秆组织，便于微生物进行分解活动，而一些养分也必须溶解在水里才能被微生物吸收利用，这样做可加速秸秆的发酵腐熟速度。也要防止温度过低拖延发酵时间。在降雪后要及时扫除堆上的积雪，防止因结冰降低堆内温度。
6．为微生物活动创造条件。玉米秸秆肥的腐熟过程，就是微生物分解有机质的过程，秸秆腐熟的快慢，与微生物活动有着密切的关系。因此，在堆制时，一要适当加入一些人粪尿或碳酸氢铵，以调整碳氮之比，促进微生物的分解活动；二要在堆制10天后左右翻堆1次，然后每隔7天翻1次，共翻3次--4次即可。翻堆的作用主要是将原料混拌均匀，使之受热一致，有利空气流通，保证好气性微生物繁殖加快，促进秸秆腐烂，缩短堆沤时间。
7．及时调解堆内酸碱度。堆内的微生物适宜在中性和微碱性条件下进行活动，当酸度过大时，可适量加入石灰或草木灰，以中和堆内的酸度，保证微生物有个良好的生活环境，经过25天--30天就可达到质量标准。