由于超甜玉米植株含糖量较高，易受较多种类和数量的病虫为害，而且常常分期播种，病虫世代交替现象十分普遍，给防治带来一定的困难。因此，只有实施综合防治，才能有效控制病虫为害并降低污染和玉米农药残留量。
一、农业防治
1、精选种子 选用饱满、均匀、无病虫的优良种子，才可以保证全苗、齐苗、壮苗，减少害虫为害时间。
2、实行轮作 应尽量避免连作，前茬最好是瓜豆类、茄果类等与玉米亲缘关系较远的作物，前茬为水稻的田块要特别注意纹枯病的防治。
3、起畦种植 华南地区降雨较多，起畦方便排灌，增强土壤透气性，有利于根系发育，减小病菌侵染机会。
4、适时播种 根据当地气候条件及病虫发生规律，适当提前或延后播种，可以避免或减轻病虫的为害。
5、科学施肥 生长期间特别是拔节以后过多施用氮肥会导致植株抗性下降，易感染纹枯病。因此要多施有机肥，合理增施磷钾肥，以提高植株抗性，改善果穗品质。
6、清洁田园 彻底铲除田间及周边杂草，及时发现和摘除病叶，可减轻病虫为害和病毒的蔓延。
二、化学诱杀
1、毒饵诱杀 用花生麸2.5公斤，炒香后拌入90%敌百虫晶体50— 75克，喷水0.5— 1公斤，边喷洒边搅拌。密闭半天后，于傍晚撒施到田间，可诱杀地老虎和蝼蛄等害虫。
2、毒菜叶诱 杀播后出苗前，将切碎的青菜叶30— 40公斤，用敌百虫1000— 1500倍液浸泡几分钟，于傍晚撒施田间，可诱杀地老虎等害虫。
三、人工捕杀
早晚在田间发现有地老虎为害，即在被害株根际扒土捕杀；苗期有青虫咬吃叶片，可捏紧心叶压死害虫；粘虫、斜纹夜蛾幼虫在灌浆期为害果穗顶端，也可结合人工捕杀减轻为害。
四、生物防治
1、细菌治虫 细菌农药高效BT乳剂、82612乳剂、7216粉剂1000倍液喷雾，对菜青虫、斜纹夜蛾等鳞翅目害虫有较好的防治效果。
2、病毒治虫 菜青虫颗粒体病毒制剂防治菜青虫，杀虫见效慢，但毒杀力强，掌握在低龄期施药效果最好，每亩用12克。
3、利用赤眼蜂防治 玉米螟赤眼蜂是一种卵寄生蜂，将卵产于害虫卵内，致使害虫不能孵化从而达到杀灭害虫的目的，在害虫产卵盛期每亩放蜂1.5— 2万头，共2— 3次，有明显的杀卵效果。