为害水稻的恶苗病、干线虫病、稻瘟病、纹枯病、白叶枯病和胡麻斑病等多由种子和土壤侵染传播。水稻种子上带有很多病原菌，可在稻株生长不同时期、阶段，表现出各种不同的病害症状。由种子传染的有恶苗病、干线病。恶苗病主要以种子过冬，种子萌芽后，侵染幼苗茎基部传病；而由土壤侵染传播的有纹枯病、稻瘟病、白叶枯病等。其中纹枯病发生面积最大，发病率最高，受害田减产率最高达50%以上，其主要以残留在土壤中的菌核越冬传病。种传病害发生后，对稻株的生长、发育、产量、品质都有不同程度的影响，其次，因稻种带菌（病），是引起稻株发病的初（始）次浸染源，在生长季节，可引发病害的再侵染、发生、蔓延、危害。
在传统上，对种传病害的防治，现阶段们们一直采用在播前进行种子处理来消灭种传病害，并使种子和幼苗免遭土传病害和害虫的为害。用于种子处理的杀菌剂种子处理的杀菌剂种类很多，有无机的和有机的、挥发性的或非挥发性的、内吸的或非内吸的。经配制后以粉剂、水溶性粉剂、可湿性粉剂、乳剂、液剂或悬浮剂施用。一个好的种子处理剂不应留下任何影响种子发芽、幼苗发育、植株生长和产品的有害残留物。
我国从50年代就开始利用药剂浸种、拌种来防治地下害虫和苗期病害。80年代起便开始对水稻种子进行包衣处理，以便促进水稻种子对土壤和肥料中氮的吸收及防治苗期病虫害。大量的调查和试验都表明，经过药剂浸种、拌种或包衣处理过的稻种，既能防止或减少种子和土壤传染病菌引起的种子腐烂、幼苗枯萎、猝倒病及其它病害所造成的损失，提高了产量，又节省了大量的人力、物力、稻种用量和时间。
下面就水稻种子处理的方式、使用的主要药剂及其防治病害的情况，叙述如下：
1拌种
1.1美国有利来路化学工业公司研制出的卫福（有效成分：萎锈灵、福美双）40%悬浮剂，主要用于防治水稻立枯病（160～200g/hm2），恶苗病（120～160g/hm2）。
1.2法国罗纳普朗克公司研制出的锐劲特（有效成分：氟虫腈）5%拌种剂，主要用于水稻稻飞虱、稻纵卷叶螟、稻蓟马、稻瘿蚊（80～160g/100kg种子，杂效稻：20～40g/kg，常规稻）。
1.3美国富美实公司研制出的好年冬（有效成分：丁硫克百威，35%种子处理剂，用于防治稻蓟马（210～400g/100kg种子），稻瘿蚊（600～800g/100kg种子）。
以上三种国外种子处理剂品种，虽然在我国获得登记，但其价格高，很难在国内大面积推广。
1.4中国专利（CN1064588）提出多?福合剂杀菌剂（其有效成分多菌灵10%～50%，福美双50%～10%），主要用于防治稻瘟病、胡麻斑病等（50g/100kg）。
1.5辽宁省农科院植保所稻病研究室研制出的高效、广谱复合杀菌剂“菌病清”（40%可湿性粉剂50g/10～13kg种子），主要用于防治苗期病害，对水稻恶苗病、立枯病、青枯病、猝倒病有特效，同时具有促根壮秧、抗低温冷寒作用。
上述两种种子处理剂品种皆含有多菌灵成分，目前已发现恶苗病等对多菌灵产生了抗药性，所以在已有抗药性菌株的地区应用多菌灵及其复配制剂，其防治效果已明显下降。
1.6吡虫啉拌种对水稻种子发芽、出苗均无不良影响，对稻蓟马有很高杀虫活性，并且持效期长，播后46天卷叶率防效仍在95%以上。此外，对秧苗素质的提高有促进作用，这究竟是刺激生长的直接作用，还通过控制稻蓟马发生和危害达到间接提高秧苗素质的作用，有待进一步研究。
2浸种
2.1中国专利（CN97100851）提出TCCA（三氯异氰尿酸）――杀菌消毒剂。先用干粉占种子量的0.2%拌种后贮藏，在播种前再用TCCA500～300倍液浸种12～36小时。药粉拌种处理144～166天的发芽率比对照高6%～12%，经田间调查表明，对细菌性条斑病、棉腐病、稻瘟病、恶苗病、纹枯病的防效达88%～100%。
2.2中国专利（CN　1096158）提出稻种消毒剂（其中有效成分为4-（2，2-二氯-1，3-苯并二氧杂戊环-4-基）吡咯-3-腈和5-乙基-基-5，8-二氢-8-氧代[1，3]二氧杂戊环基-[4，5-g]喹啉-7-羧酸），在很大低浓度下（7.9ga.i./1000kg种子），对水稻恶苗病、稻瘟病、叶斑病有着相当高的防效。
2.3日本宇部兴产公司和日本北兴化学工业公司共同开发出的咪唑类种子杀菌剂稻瘟酯，对防治恶苗病、稻瘟病和胡麻叶斑病旧有成效（200倍液，防治率98%以上）。虽然苯并咪杀菌剂与福美双制成混合制剂已大面积广泛用于防治上述病害，但长期的使用，致使出现串珠镰孢耐苯并咪唑菌株，造成苯并咪唑类杀菌剂防治水稻恶苗病的活性降低。而稻瘟酯对苯并咪唑类杀菌剂具抗性的串珠镰孢有效。另外，在育苗箱培育试验中也充分显示出对绿色木霉和镰孢属等土传病原菌引起的水稻苗立枯病有很好防治效果。
此外，德国产的25%施保克（咪鲜安）乳油62.5～125mg/kg浸种）、菌虫清（400倍液浸种）等对防治水稻恶苗病也有一定效果。其中江苏镇江地区农科所研制出的菌虫清（400倍液浸种）主治干线虫病，兼治恶苗病、稻瘟病，并能克服部分地区已产生恶苗病菌对多菌灵的抗药性问题，兼治作用稳定。
3种子包衣
3.1薄膜包衣
3.1.1中国专利（CN86100095）11号种衣剂（有效成分：7%呋喃丹、5%多菌灵、5%福美多和5%敌菌酮）：12号种衣剂（有效成分：5%呋喃丹、7.5%多菌灵和7.5%甲基砷酸锌）均防治水稻料秧及前期病虫害。15号种衣剂（有效成分：3%呋喃丹、6%多菌灵、3%毒死蜱和6%敌克松）防治恶苗病、棉腐病等，兼治叶蝉、飞虱、螟虫、地下害虫及缺素症，药种比例均为1：70～80。
3.1.2涿州种衣剂厂生产的20%水稻种衣剂（有效成分：10%呋喃丹、5%甲基异柳磷和5%多菌灵）综合防治水稻地下害虫、恶苗病、根腐病、干线虫病和鸟、鼠害、防治连作障碍和缺素症。药种比例为1：70～80。
以上几种种衣剂产品中虽然功能多，但其产品高毒，在贮存、应用过程中存在着安全问题。
3.2丸粒化
3.2.1特公昭（55-22045）提出用过氧化钙种衣粉（由过氧化钙25%、熟石膏25%，其余为碳酸钙）包覆于开始萌发的稻种上，再插入浅水土壤中，过氧化钙在水中缓慢释放出的氧气，能促进稻种生根、发芽和出苗，使水稻直播栽培初步获得成功，但使用该种衣粉包衣的稻种出苗率仍在75%左右，且效果不稳定。
3.2.2吉林省农科院原子能研究所以氧化钙为主要成分，以石膏为凝固剂，以微量元素为附加成分，进行水稻种子包衣处理，促进了水稻对土壤和肥料中氮的吸收，提高氮肥利用率7%～12%，提高产量5%～15%。
3.2.3中国专利（CN1102944）改进了特公昭55-22045报道的配方，提出（由过氧化钙原粉、矿质元素化合物、微量元素、工矿废渣、保水剂、独立核算菌剂和植物生长调节剂组成的）35%过氧化钙种衣剂（用于水稻直播的种子处理剂），该种衣粉生物效果优异而稳定，水稻产量高，节省大量人力、物力、地力和时间。
4其它
据M.0.Mabbayal等人报道，用除草剂处理稻种可防除稻田杂草。一种方法是将稻种浸泡于一定浓度的溶液中，24小时后取出，培育，经实验室试验发现，2，4-滴抑制稻种发芽及稻根生长，禾工草丹虽然不影响稻种发芽，却抑制稻株新叶的形成，丁草胺抑制稻苗长度与其浓度成正比，丁草胺、禾草丹对稻根的生长没有影响。各种试验浓度的苄嘧磺隆均不影响稻苗长度。而用丙草胺+fenclorim混剂，除选用最高浓度外，一般不会使稻根或稻苗长度受影响。另一种方法是，在播种前将适量除草剂同未发芽的稻种共放在塑料袋中，并震动5分钟左右，取出。经湿季和干季田间试验发现，除苄嘧磺隆外，所有用除草剂进行种子处理的小区，稻束数都处于最低水平。播种后头几天的田水管理极其重要，为确保湿播稻的移植生长，稻田必须具有良好的排水系统和水控制系统。
据观察，用苄嘧磺隆作种子处理对稻束数及稻株重量无影响，而用丙草胺+fenclorim混剂进行种子处理，虽然在稻种壤育早期会出现稻束数减少，稻株理量略有下降，但作物的最初损失将得到恢复，最终产量所有用除草剂的小区均超过未处理小区，但相互间无差异。
由上述可以看出，使用诸如丙草胺+fenclorim混剂和苄嘧磺隆等除草剂作种子处理是可行的，为防止给播种人员事农副业直接接触除草剂的危险，此方法用于实施机械播种的领域最为适宜。
我国水稻种植面积约占总种植面积的1/4，90%的粮食作物系由种子所繁殖，而籽苗是作物生长过程中抗御病菌和环境影响最薄弱不禁风的阶段，全面推行种子处理，将种传病害如干线虫病、恶苗病、细菌性条斑病消灭于萌芽阶段。同明种子处理具有保护种子抗御土传病菌及有害动物与除草剂的危害，使种子获得中够的营养促进发芽、生长、促进固氮菌的共生，利于标准化种子种植的推广等作用。