水质是衡量鱼虾养得好坏的一种指标，许多有经验的养殖户通过水质的好坏就可以判断鱼虾的情况，是否得病或者能否“泛塘”等。而净化水质的方法除了传统的方法（注水、使用增氧机、施生石灰）外，还有一种新的方法，使用水质调节剂：微生物菌肥。微生物菌肥内含多种功能微生物，可以有效分解各种有害物质。当水质过肥、浑浊、透明度低时，施用适量微生物菌肥，可以保持水质澄清，防止水质老化，促进浮游生物生长和预防鱼病的发生。此外，与传统方法相比，使用微生物菌肥还可以给鱼虾带来丰富的“天然”食物。微生物菌肥中的功能微生物可以分解水草、残余饲料、粪便垃圾等，形成鱼虾所需的养分，供其食用。施用微生物菌肥后，水中浮游生物大量繁殖，池水呈现绿色或褐绿色，效果十分理想。