早稻育秧期间，存在着烂芽和死苗现象，严重影响早稻抛秧的成秧率，进而导致大田基本苗不足，最终影响产量。
闷芽主要原因是营养土准备不足，临时“抱佛脚”，未经过冬耕冻垡，更未通过堆制，或营养土黏性过重，造成播种后营养土板结不通气；秧苗2叶1心前苗床淹水或营养土淹水，造成缺氧闷芽；播种后因覆盖的地膜被风吹翻，营养土遭大雨冲打而板结缺氧。因此，营养土一定要选择冬耕冻垡的土壤，并与适量的充分腐熟的粪肥渣拌和均匀，提前沤制，使肥与土充分融合。加强苗床管理，防止风吹翻覆膜。如被风吹翻，要及时补盖。秧苗2叶1心前严防厢面淹水或渍水。
肥害苗床如施用未充分腐熟的有机肥，因发酵发热和氨气中毒易造成烂芽死根；肥料与床土翻拌不均匀，肥料未分散均匀，没有与土壤充分融合，秧苗1叶1心后，秧根下扎时触及肥团造成反渗透死苗；出苗后根际追施尿素时未及时浇透水，因缩二脲、氨气中毒，引起秧苗成片或带状死亡。因此，一定要提高营养土质量，不施用未充分腐熟的农家肥；营养土拌入肥料时要反复翻拌，使肥料与营养土充分拌匀、融合。出苗后可用0.3%尿素、0.2%磷酸二氢钾液叶面喷施，多次进行叶面追肥。
缺水水稻种子发芽和幼苗生长需要充足的水分，但薄膜覆盖期间，营养土由于地膜的阻隔作用，不能接收到降雨。特别是大晴天，因膜内气温高，水分大量蒸发，易造成营养土水分不足。而地膜覆盖期间，农户没有揭开覆膜检查，营养土发白了还不知道。因此，在地膜覆盖期间要注意勤检查，如发现营养土表层开始发白，要及时浇水。要经常保持营养土湿润，最好是每隔6天左右用洒水壶洒水1次，洒水要均匀、细致。
病害主要是立枯病、绵腐病引起烂芽死苗。立枯病引起的死苗在旱育抛秧上是比较严重的。表现为芽子卷曲变黄，最后枯黄死亡，导致出苗率低。营养土使用灰肥，如陈砖灰、窑渣灰、草木灰和火土灰等碱性肥料，易诱发生理性立枯病；长期低温阴雨天气，引起苗体抗性下降，易感染并引起立枯病暴发。因此，抛秧要防止播种过早，一般不早于3月25日播种。在提前准备好营养土的基础上，于播种前一定要用敌克松800倍液进行营养土消毒。秧苗1叶期～3叶期分别洒施敌克松1000倍液预防病害。持续低温期间如出现黄叶，可施用0.2%硫酸亚铁溶液补充铁素。
烧苗膜内温度过高造成烧苗，特别是暴晴后因土壤温度低而气温高，叶片大量蒸腾失水，而土壤吸水不足，造成反渗透失水，故出现青枯死苗，甚至造成高温烧苗。要注意揭膜通风降温，注意浇水保湿。长期低温后暴晴时注意用部分稻草覆盖拱膜两旁遮荫降温，防止气温骤然上升而引起死苗。要炼苗后才能撤膜。