在目前的条件下，要消灭一切病原体是不可能的。要控制鱼病的发生，我们就应从提高鱼体抵抗力入手，要做好下面两项工作。
（一）加强饲养管理，保持鱼类体质健壮
（1）合理的混养和密养：这是提高单位面积产量的措施之一，对鱼病的预防也有一定的积极意义。因为不同种鱼类上的寄生物不完全相同，某些寄生物只能寄生于某种寄主，别的鱼类对其有免疫力，由于混养的结果，实际上就使这种鱼的个体密度稀松了。此外，混养不同食性的鱼类，特别是混养杂食性的鱼，如罗非鱼，能把水中的有机碎屑和部分病原细菌群蚕食掉，起到了净化水质作用，减少了鱼病发生的机会。因此从预防鱼病的角度看，也应提倡鱼类混养。在密养情况下，特别是在过密的水体内，鱼类容易接触而使病原体互相传染，鱼病更容易发生和发展。因此在经营管理这种鱼池时，应掌握适当密养，并严格执行卫生防疫措施。高密度饲养而相应措施（如投饲量、增氧设备等）跟不上时，则常会适得其反，鱼体成长缓慢、消瘦，容易发病；在夏季更易因缺氧而泛池。混养和密养应根据鱼池的水深、水源、水质、饲料供应情况及饲养管理方法而定。
（2）早放养、早开食，做到“四定”投饲和合理施肥：早放养，改春放为冬放或秋放鱼种，使鱼类提早适应环境，深秋、冬季水温较低，鱼亦不易患病，同时开春水温回升即开始投喂，鱼体很快得到恢复，增强了抗病力。广东等地在这方面积累了很多经验。
饲料的质量和投喂方法，是增强鱼类对疾病的抵抗力和池鱼丰产的重要措施。“四定”（定质、定量、定时、定位）投饲是群众养鱼经验的结晶。
定质：投喂的饲料要新鲜和营养成分齐全，不含有病原体或有毒物质，不腐烂变质。对大而坚硬的饲料要发酵或浸泡磨碎后，再加工成适口饲料投喂，以保证鱼类的适口性。
定量：根据鱼体大小、不同种类按量投喂。每天实际投喂量根据不同季节、天气变化、水质肥瘦程度和鱼的活动情况而灵活调整，一般以3～4小时内吃完的量为宜。对于吃剩的残饵，最好及时捞掉，以免留在池内腐烂发酵，败坏水质。
定时：投饲要有一定时间，若每天投喂两次，则可上午8～9点、下午3～4点各喂1次。实际投时间亦应根据饲养种类、季节、天气的变化作适当的调整，如早晨雾重、下大雨等，应适当推迟投喂时间。在密养流水池投饲的原则是“少吃多餐”，每天投喂3次或更多。
定位：投饲要有固定的场所，使鱼养成到固定地点去吃食的习惯，既便于观察鱼类动态，检查吃食情况，清除残存饲料，而且在鱼病流行季节又便于施放药物，提高防治效果。根据鱼类食性不同，可设浮性饲料框或沉性饲料台。
施肥的作用主要是增加池水中的营养物质，使浮游生物迅速生长繁殖，给池鱼提供充足的天然饵料和促进光合作用。施肥不得法，也会恶化水质，使鱼生病。因此在施足基肥的基础上，追肥应掌握“及时，少施、勤施”的原则，且追肥应以发酵过的粪水或混合堆肥的浆汁为佳，或追施化学肥料。
（3）加强日常管理，注意细心操作，防止鱼体受伤：要使鱼生活正常，健壮成长，必须加强日常管理。首先要养成每天早、中、晚巡塘的习惯，观察鱼类动态、池水变化情况以及其他情况，以便发现问题能及时采取措施。如通过巡塘观察，及时发现鱼病早期症状，及早检查及诊断，能及时进行防治，控制其发展。通过观察池水变化，可及时追肥、换水或注入新水，保持池水肥、活、嫩、爽。其次要注意鱼池环境卫生，勤除池边杂草，勤除敌害及中间寄主，及时捞出残饵和死鱼；定期清理及消毒食场。此外拉网捕鱼、进箱搬运时，要细心操作，不能马虎，以免鱼体受伤而感染疾病。
（4）主和养同一档次鱼种的规格要整齐，以免有喂养过程中大鱼抢食过饱，而小鱼则吃不足，引起两极分化，小鱼体弱多病。
（二）培育抗病力强的新品种或进行人工免疫
在鱼类饲养过程中，常可见到一些发病严重的鱼池，大多数鱼患病死亡，而存活下来的鱼，往往都长得很好。这种现象表明，鱼体抗病能力与鱼的个体差异有很大关系。因此，要想达到预防或减少鱼病的发生，可以利用这种个体差异，挑选和培育抗病力强的养殖新品种。
（1）选育自然免疫的鱼类新品种：在鱼类养殖过程中，可以见到一些发病严重的鱼池，在部分鱼因病死亡的情况下，少数鱼能安然无恙地生存下来，这些生存下来的鱼，可能由于本身有较高的抗病能力，或鱼体内产生了某种抗体，对病原体有免疫作用。如我国池养的草鱼、青鱼患出血病、肠炎病、赤皮病后亦发现有抗体生成。根据鱼类病后可得免疫性的原理，我们可将病后生存下来的鱼专池饲养起来，系统地观察其个体和子代是否对某些病原具有免疫力，有目的地去选育抗病力强的鱼类品种。
（2）利用原系亲鱼繁殖，避免近亲繁殖引起种质退化：自人工繁殖成功以来，很多繁殖场采用的亲鱼都是自己池塘里培育的子一代，近亲繁殖，以致鱼类种质退化，抗病力下降，鱼病连年暴发。实践证明，采用天然水系亲鱼繁殖的后代，具有抗病力强、疾病少、生长快的特点。长江水系亲鱼繁殖的后代即如是。亦可采用不同水系亲鱼交配繁殖后代，同样有提高抗病力的效果。
（3）种间杂交培育抗病新品种：利用免疫的遗传性原理，采用鱼类种间杂交，培育抗病力强的新品种。例如我国有些单位，采用草鱼和团头鲂的杂交品种―鲩鲂，就具有抗病力强的特点。虽然这种鲩鲂生长比草鱼慢，但不易得病死亡，在产量上有保障，如适当增加其放养数量，可弥补其生长慢的缺点。又如鲤鲫杂交种的抗病力也比鲤强得多。因此，在品种改良上应考虑抗病新品种的培养。
（4）人工注射、喷雾、口服或浸泡疫苗，使鱼获得免疫力，例如我国草鱼出血病和赤皮、烂鳃、肠炎病免疫防病，使草鱼成活率大大提高。
