随着人民生活水平的提高，人们的健康消费需求日益增长，农产品的质量安全更加受到关注。无公害农产品是指产地环境、生产过程和产品质量均符合国家有关标准和规范要求，经认证合格获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的未经加工或初加工的农产品。
实施水稻无公害栽培，应遵守可持续发展原则，按特定生产方式生产，从品种选择及合理栽培、产地环境、肥料和农药使用四个环境着手，生产出无污染的安全、优质、营养稻米，并经专门机构认定。
1品种选择
1.1应选择水稻良种。水稻良种，一是要具有优良种性，包括高产、抗病虫、抗逆、生育期适中和品质优等特性；二是要种子优良，具有本品种特性，即种子真实、纯净一致、清洁干净、饱满充实，发芽健壮整齐，无传染病害，干燥耐储藏。
1.2水稻种子的质量标准。杂交水稻种子的标准是：一级种纯度不低于98.0%，净度不低于98.0%，发芽率不低于80%，水分不高于13.0%；二级种纯度不低于96.0%，，净度不低于98.0%，发芽率不低于80%，水分不高于13.0%。常规水稻种子的标准是：原种纯度不低于99.9%，净度不低于98.0%，发芽率不低于85%，水分不高于13.0%，良种纯度不低于98.0%，净度不低于98.0%，发芽率不低于85%，水分不高于13.0%。
2合理栽培
2.1首先要做好晒种和种子风选。在水稻种子浸种3～5天，并将种子薄晒2～3天然后进行风选；将风选后的种子用波美比重1∶1的黄泥水或盐水进行精选，再用25%可湿性多菌灵粉剂500倍药液浸种，或用线菌清15g对水9kg，浸稻种6kg。
2.2全面推广水稻无公害旱育壮秧，培育壮苗，提高抗性。
2.3合理密植。合理密植是水稻获得优质高产的重要前提，合理密植能促进水稻单株和群体结构的协调发展，改善田间的温光条件，有力于增强光合作用，促进有机物的积累，增加产量。栽插密度应根据品种、地理条件、土壤肥力和种植形式等综合考虑。
2.4科学管水。无公害水稻栽培应采取浅水栽秧，湿润立苗，寸水返青，薄水分蘖。当田间苗数达到预期穗数的80%时即开始脱水晒田，多次轻晒。晒田时，放水落干，待田面无水3～5天后，再上新水，保水2～3天后，再次落干。有水抽穗、灌浆，干湿交替壮籽。灌浆结实后，坚持千千湿湿，间歇灌溉，待田面水自然落干后再上新水，防止后期脱水过早影响优质稻谷品质。
2.5最好实行机械或人工除草、除稗，同时拔除病虫为害植株。杂草防治亦可选用安全性强、无农药残留的高效除草剂――50%稗阔净防除。
2.6秋冬季深翻晒土，清洁田园，并实行区域化种植，减少病虫迁移桥梁。
3产地环境
生产基地应选择在无污染和生态条件良好的地区，应远离工矿区和公路、铁路干线，以避开工业和城市污染源的影响，并且有可持续的生产能力。具体指标是：
3.1空气质量：在标准状态下，日平均浓度每立方米二氧化硫应≤0.25mg，氟化物应≤71μg；
3.2灌溉水质量：pH在5.5～8.5之间，每升水总汞≤0.001mg，总镉≤0.01mg，总砷≤0.05mg，铬（六价）≤0.1mg，总铅≤0.1mg，石油类≤5.0mg，挥发酚≤1.0mg；
3.3土壤环境质量：在pH＜6.5时，每kg土壤总镉≤0.3mg，总汞≤0.3mg，总砷≤30mg，总铅≤250mg，总铬≤250mg；当pH在6.5～7.5之间时，总镉≤0.3mg，总汞≤0.5mg，总砷≤25mg，总铅≤300mg，总铬≤300rug；当pH＞7.5时，总镉≤0.6mg，总汞≤1.0mg，总砷≤20mg，总铅≤350mg，总铬≤350mg。
4药肥使用
4.1无公害水稻施肥原则，应以有机肥为主，控制化学氮肥的施用量，保证磷肥施用量，增加钾肥施用量，推广施用无公害水稻专用肥或复合肥。适宜施用的有机肥料包括堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆肥、泥肥及饼肥等。有机肥以头年稻草还田为主，栽秧前半个月施腐熟畜肥。
4.2农药使用应遵循“预防为主，综合防治”的植保工作方针，从稻田生态系统出发，实施栽培，综合运用多种防治措施，将有害生物控制在经济允许值以下，并保证稻米中的农药残留量符合规定。实施化学防治，要严格按照无公害生产指定的水稻病虫害防治指标，在防治适期施药，宜一药多治或农药合理混用；要有限制地使用具证的高效、低毒、低残留农药品种，控制施药量与安全间隔期；或采用农药加载体撒施方法，防治前期一代螟虫和杂草；对水稻叶面病虫、穗部病虫实行针对性低容量喷雾。禁止使用高毒、高残留农药。实施生物防治：一要注意保护和利用天敌，维护天敌种群多样性，充分发挥天敌的控害作用；二是有限推广使用生物农药，如苏云金杆菌、井岗霉素等；三是养鸭，即在水稻返青后至孕穗期，可有效控制稻田前期杂草和水稻基部虫害。