耐盐水稻育种研究
这项研究的目的在于：1、使新型耐盐性水稻能适应盐碱地种植。2、在淡水短缺情况下可充分利用海水浇灌。在国外已有耐盐番茄、甜瓜和大麦等作物的报道，英国苏萨克斯大学培育的耐盐水稻能在大田中旺盛生长，但必须看到于大田中调节盐含量的复杂性。耐盐性稻谷基因工程研究在英国颇为活跃，研究人员利用耐盐水稻的基因植入水稻，培育出耐盐性水稻，能吸收少量盐分，并能贮存于细胞中不影响作物生长，预计要经8代繁殖后（即8个收获期）的种子才能用于商业化推广应用。这种“工程稻”一方面能在荒废的盐碱地得以利用，另一方面可以逐渐吸收土壤中的盐碱成分，从而改良土壤。
抗灾水稻育种研究
涝灾、风灾对水稻生产是个威胁，为了防止涝灾、风灾以及杂草对水稻作物的危害，其基础研究或应用研究均取得可喜进展。国际水稻研究所人员从产量低的耐淹水稻中找到一种耐淹的基因，将其移入到高产热带水稻中，终于培育出耐水淹的水稻品系，其产量比高产热带水稻产量还要高。该“工程稻”在淹没情况下仍能存活，这期间田间杂草则被淹死。该研究所还培育出另一种耐涝水稻新品种，在泰国试种有可能比现有水稻产量提高3到4倍。
改良稻米品质的研究
上世纪八十年代中期美国成功地培育出高蛋白质玉米转基因植株，种子蛋白质含量达40%到45%，可与大豆媲美。与此同时，还培育出比普通水稻高10%蛋白质含量和赖氨酸含量较高的水稻新品中。在中国，为改良米质，湖南师范大学研究人员将野燕麦ＤＮＡ导入水稻，选育出“麦－稻”新品种，经多年的培育，该品种具有丰产性、米质优、熟期适当以及株叶型适度等特点，在湖南扩种后，新稻种供不应求。为使稻米具有更好的保健食疗，美国加州一家应用植物公司第一次用基因工程技术构建一种能产生人体蛋白的水稻，即稻米含有一种抗胰蛋白酶的人体蛋白，此酶蛋白可用于治疗肝病引发出血之功效，收获的“工程水稻”种子可以发芽继续繁殖，扩大再生产。人们把这种源于“工程水稻”的种子称为“功能性稻米”，作为主食为保健食疗开辟最经济的途径。