杂交早稻浸种催芽过程中的哑种（不发芽）烂芽问题一直困扰着粮农，经调查，大多数是因为浸种催芽方式不当引起的，因为不少农户将传统的浸种催芽方法套用于杂交早稻种子。传统浸种催芽方法是利用种子吸水后自身呼吸作用产生的热量来提高谷堆温度，促使种子发芽的。由于杂交早稻用种量小，谷堆升温达不到催芽的要求，常导致发芽率低，哑谷多，最终因催芽时间过长引起滑壳、霉菌感染，直至烂芽坏种。因此，对于杂交早稻等用种量较小的早稻，其浸种催芽要采用有别于传统的浸种催芽方法，以满足种子发芽对温度、水分和氧气的需要。以下4种方法可供选择。
一、温水三浸三露浸种催芽方法
先按3千克水浸2.5千克种谷的比例准备浸种用的水，并在水中加入10克强氯精，将种子浸种消毒18小时后，再用清水洗干净，然后转入3浸3露。即第1天下午7点，把装进蛇皮袋子（即塑料纺织袋）的种子浸入盛有50摄氏度温水的桶（木桶和金属桶均可）中，翻动拌和至水温降低不烫手（37-38摄氏度）为止，而后用多层薄膜将桶连同种子袋全部包扎捆紧，置于室内避风处12小时，于第2天早上7点将种子起水，即将盛有种子的蛇皮袋子，置于桶上露种，桶内换入新的热水（温度50摄氏度左右，为上面的露种提供热能），但一定要注意种子袋与桶中水要保持一定的距离，以防种子因湿度过大而缺氧烂种。然后用薄膜将种子袋连同种子包裹起来保温，露种12小时。第2天下午7点，改用45摄氏度温水，第3天下午7点再改用40摄氏度温水。采用此种方法，种谷的破胸率一般可达90%以上，然后用37-38摄氏度温水浸种半小时，起水沥干在室温条件下催芽，催1天以后即可播种。
二、煤灰安全快速催芽
将浸种与催芽结合起来，选择干净的箩筐，用无病的稻草敷于箩筐四周及箩筐底，形成草窝；用10克强氯精加30摄氏度温水5千克配制药液浸种3.5千克，浸种消毒8-10小时，然后用清水洗净沥干，准备催芽；将种谷倒入盛有55摄氏度热水的容器中，边倒边翻动，维持3-4分钟，再搅动调温2-3次，使种子在35摄氏度左右的温水中预热吸水1小时左右。然后趁热用热煤灰拌种，种谷与过筛煤灰（烧尽无黑心的），按1:0.8的比例配好，再用开水拌灰，以手捏成团，抛开即散为度，将预热沥过水的热种谷与湿热煤灰拌和均匀后，放入蛇皮袋内，迅速将蛇皮袋连同种谷放入箩筐的草窝中，将箩筐口的稻草拢来保温，上面用稻草加厚。种谷经过10小时左右开始破胸，24小时破胸率可达90%以上。此时翻动1次，将四周和底部未破胸的种谷翻入谷堆中心，已破胸的置于四周。如谷堆内温度较低，可用盛有热水的玻璃瓶插入谷堆内增温；如谷壳较干，可用30摄氏度温水喷湿拌匀，继续堆放催芽，再经24小时即可播种。
三、温水多起多落浸种催芽
将经过强氯精消毒的种子用蛇皮袋装好，将45摄氏度温水倒入桶子（如金属桶等）中，再将种子袋放入水中，充分翻拌种子，使之受热均匀，保持水温38摄氏度即用薄膜包扎桶子，并覆盖稻草保温。浸种12小时后将种子袋提出，用稻草包扎保温露种。露种6小时后，用38摄氏度温水浸第2次，时间约6小时，以后又露种6小时。第3次浸种水温不超过35摄氏度。如此反复，多起多落，直到破胸率达90%以上，再按常规方法催芽。
四、催芽机催芽
将吸足水的种子，用纺织袋盛好，每袋20千克，放在催芽机的架子上，破胸阶段温度控制在30-38摄氏度，当温度超过38摄氏度，应降低温度，若温度太低则破胸不齐。当破胸率达95%以上即可播种，如果破胸后，天气不利播种，就将温度控制在15-20摄氏度保芽，控制芽和根的生长，以免影响播种质量。