纸筒育苗甜菜在育苗期养分的调控直接关系到育苗质量。每200千克苗床土施40千克腐熟的马粪或羊粪，加一袋甜菜育苗肥，或用过磷酸钙、三料磷肥、硫酸钾、硝酸铵、磷酸二氢铵等配合使用。苗床土中的养分用量和比例要控制得当，氮素不能过高，以防育出“高脚苗”、“水苗”等弱苗和病苗。通常将床土中的三要素含量调到N350毫克/千克,P2O51000毫克/千克,K2O350毫克/千克即可。