彭泽鲫作为一个人工选育的养殖新品种，抗病力强，是其主要优良性状之一。在多年的养殖实验和大面积（数万亩）养殖生产过程中，迄今尚未发生过一例彭泽鲫因感染某种鱼病而大量死亡的事件，亦未出现过爆发性鱼病。实践证明，彭泽鲫对各种疾病感染率极低，即使感染疾病后成活率也不会受到太大影响，仅仅影响病鱼的生长速度或外观。
彭泽鲫常见的疾病为体表动物性病原体引起的鱼病，如水霉病和烂鳃病。
1．烂鳃病
网箱养殖的彭泽鲫发生过烂鳃病。病鱼行动迟缓，体色发黑，常在水面离群独游，病鱼鳃盖内表皮被腐蚀成圆形透明区，通称“开天窗”，鳃丝末端发白、腐烂，为浮泥所粘附，群众称?a href='http://www.baiven.com/baike/224/284144.html' target='_blank' style='color:#136ec2'>巴夏唷保现厥比咳砉峭饴叮找蚝粑训贾滤劳觥２≡迨怯愫φ城蚓餍屑窘谖?～9月份。此病可引起彭泽鲫零星死亡。
防治方法：发病季节或发病期间坚持用漂白粉挂篓或用食盐挂篓。此病经治疗后，一周左右便可见效。
2.水霉病
水霉病只发生在彭泽鲫受精卵孵化阶段和鱼苗阶段。病原体是水霉科中的水霉、绵霉、细囊霉和丝囊霉。流行季节为3～5月份。
在鱼卵孵化过程中，由于气候、水温的关系，彭泽鲫鱼卵受水霉病危害较大。感染了霉菌的鱼卵，菌丝像根状物侵入卵膜，在卵膜外部着生菌丝，严重时造成鱼卵大批死亡。
鱼苗阶段，由于扦捕、搬运时操作不细心，擦落鳞片，或寄生虫破坏皮肤，以致霉菌侵入伤口。当肉眼能看到时，菌丝已向内深入肌肉，蔓延扩展，向外生长成棉毛状菌丝，故称为“生毛”。病鱼表现为鱼体负担过重而漂浮在水面，游动失常，食欲减退，最后瘦弱而死。
防治方法：彻底的清塘消毒（最好用生石灰），一般能有效的预防水霉病。
在鱼苗孵化阶段，更重要的是选择适宜的催产气候和水温。对彭泽鲫的催产一定要注意避开寒潮和阴雨天气，一般应选择在水温17℃，并预计催产后会有4～5天晴暖天气时才可催产。另外，鱼巢要多设置一些，使鱼卵不致太密，这样可有效防止或减轻水霉病的发生及危害程度。
3．车轮虫病
车轮虫病主要发生在彭泽鲫夏花鱼种培育阶段。流行季节为5～8月，高峰期为6～7月。病原体是车轮虫。病鱼体表或鳃部受到病原体刺激后，分泌大量粘液，组织遭受严重破坏，病鱼消瘦，游动缓慢，间隔性侧游，呼吸困难，常群游于池边，可引起较大数量的死亡。一般在面积小、水浅、放养密度大的鱼池，最容易发生此病。
防治方法：用硫酸铜、硫酸亚铁合剂（比例为5∶2）全池泼洒，使池水成0.7×10-6浓度。或硫酸铜单一使用，施药方法以二次法为好，第一次施药使池水成0.4×10-6～0.5×10-6浓度，3天后再施第二次药，使池水成0.3×10-6浓度。一般施药后3天即可见效。
4．鱼鲺病
此病在彭泽鲫冬片鱼种培育阶段和成鱼养殖阶段均有发生，全年均可感染此病。病原体是鱼鲺。病鱼表现症状为极度不安，急剧狂游和跳跃侧游，肉眼可见鱼体有鱼鲺。鱼鲺病一般不会引起彭泽鲫的死亡，但会严重影响彭泽鲫的生长。
防治方法：此病流行开始时，用晶体敌百虫全池遍洒1次，浓度为0.25×10-6～0.5×10-6。
5．锚头鳋病此病只在彭泽鲫成鱼阶段出现过，发病季节4～10月。病原体是多种锚头鳋，寄生在鱼的体表或口腔（极少数）。
锚头鳋病一般不会致使彭泽鲫死亡。发病初期，病鱼呈现急燥不安，间隔性侧游，食欲减退，体质消瘦，严重妨碍了鱼体生长。锚头鳋以其头角钻入寄主肌肉或鳞片下面，引起周围组织红肿或坏死，少数病鱼会同时感染水霉病，因而引起死亡。
防治方法：在发病季节，用晶体敌百虫全池遍洒，浓度为0.2×10-6～0.3×10-6，每半月1次，连续2～3次。
治疗方法：用晶体敌百虫全池遍洒，使池水成0.5×10-6浓度，1周后再用1次；或用0.025×10-6高锰酸钾溶液浸洗鱼体20～30分钟。
