光合细菌是一种广泛应用于水产养殖的微生物，在使用光合细菌这种微生物制剂的时候要注意以下九点：

（1）不可与抗生素及其它杀菌剂混合使用，水体消毒须1周后方可使用投;使用光合细菌后不可施用任何杀菌药物，甚至漂白粉。

（2）使用前，将菌液光照10小时以上，使用效果更好。

（3）光合细菌在25-30℃时生长最好，温度低于10℃则生长缓慢，高于40会受到抑制，故宜选择在水温适宜时施用，晴天水温20℃以上时使用效果较好。

（4）养殖池塘水中浮游藻类少，枝角类，轮虫等浮游动物偏多，一般此类水质即所谓的“水瘦”，往往表现为PH值偏高，氨氮偏高，造氧因素减少而耗氧水生物大量繁殖，鱼类易浮头。此时泼洒光合细菌效果不明显，应先适当泼洒杀虫剂，杀灭水中浮游动物，再引入或培养有益藻类。否则，泼洒入池的光合细菌很大部分作为浮游动物的饵料，起到增殖浮游动物的作用，杀灭水中浮游动物为光合细菌生长繁殖提供更有力的空间。

（5）应灵活掌握用量和使用的连续性，定期、定量投放，因为光合细菌必须达到一定量，才能在水体中只有形成优势群落后，发挥最大的作用。

（6）水体呈碱性时施用效果最好。酸性水体易使鱼类生病，应常用生石灰调节PH值至中性或偏碱程度。

（7）光合细菌菌液不能用金属器皿贮存。

（8）培育鱼苗时，在苗种入池前7天全池泼洒，以利于浮游生物生长。

（9）阴雨天勿用，以免影响使用效果，其次，防止因光合细菌的施用，导致浮游动物大量繁殖，增加池塘氧耗，导致水产养殖动物浮头死亡，给养殖户带来经济损失。