一是应长期使用。微生态制剂的预防效果好于治疗效果，其作用发挥较慢，长期使用方能达到预期的效果。

二是应尽早使用。通过先入菌的大量繁殖，形成优势种群，减少或阻碍病原菌的繁殖。

三是禁止与抗生素、消毒杀菌药或具有抗菌作用的中草药同时使用。

四是施用时注意菌体活力及菌体数量，一般要求含3亿个/毫升以上的活菌体，且活力强，同时注意制剂的保存期，随着保持期的延长，活菌数量逐渐减少，故保存期不宜过长，并且打开包装后尽快使用。

五是有的微生态制剂使用前要活化培养。活化能让微生物迅速“复活”，活菌数量成倍增加，也能使菌迅速适应池塘水质条件，如芽孢杆菌。

六是注意不利因素的影响。如温度、pH值、硝化细菌在pH值<7或pH值>8.5的水体中繁殖速度会受到一定影响，最适范围为7.8～8.2，所以要控制好水体中的pH值，以利于有益微生物的生长。

七是遇到水质败坏严重的发病池塘，水质处理时，先用大剂量活菌加维生素C、E等抗应激类的物质，把水质调控好后再施用药物效果好，而且稳妥。

八是微生态制剂不是药物，一旦发生病害一定要用相关药物治疗