国家规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，充分证明其效益、无毒、无害后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证；经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证。正式登记证有效期5年。

　　没有获得国家登记证的微生物肥料不能大面积推广；国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数≥2亿/克，大肥有效活菌数≥2000万/克，而且应该有40%的富余。

　　存放时间超过有效期的不宜使用：由于技术水平的限制，目前微生物肥料有效菌成活时间都不是太长，必须在有效期内使用，过期的微生物肥料对效果有影响。

　　微生物肥料要在阴凉处存放，避免阳光直晒杀菌，避免雨水浸淋；避免与农药直接接触使用，严禁与杀菌剂混合使用。