症状俗称棉花黑根病、烂根、腰折病。主要为害棉苗。侵染幼茎茎基部初现纵褐条纹件适宜时迅速扩展绕茎一周，缢缩变细，出现茎基腐或根腐。棉苗失水较快，一般不倒伏。死苗易从土中拔出，其基部或根系上可见稀疏的丝状物及粘附在其上的小土粒。侵染种子引起烂种或烂芽，病种子多呈褐色软腐状，挤压时流出共黄褐色粘液。侵染子叶及幼嫩真形成不规则褐色坏死斑，后干枯穿孔。湿度大时病部可见稀疏白色菌丝体，并有褐色的小菌核粘附其上。
　　病原RhizoctomiasolaniKühnAG-4称立估枯丝核菌AG-4菌丝融合群，属半知菌亚门真菌。有报道AG-5、AG-1-IA等少数融合君也可侵染、致病，但不引起死苗。AG-4寄主广泛且致病力很强，除侵染棉花外，还侵染水稻、小麦、玉米、花生、芝麻等。试验将棉花立枯病菌、小麦纹枯病菌分别接种于小麦和棉苗上，并不相互侵染，所以，其它寄主上的AG-4与棉苗的关系还需进一步明确。该菌有性态为Thanatephoruscucumeris（Frank）Donk称瓜亡革菌，属担子菌亚门真菌。
　　传播途径和发病条件病菌主要以菌丝体和菌核在土壤中或病残体上越冬，较少以菌丝体潜伏在种子内越冬，但收花前遇低温多雨年份棉铃染病时，病菌侵入铃内，造成种子带菌，成为翌年初侵染源。在棉田病菌多集中在6cm以内的表土层，可存活2-3年。病菌遇适宜条件和寄主，菌丝贴寄主表皮细胞形成侵染垫，然后伸出侵染线侵入细胞为害，也可从伤口及自然孔口侵入，菌丝扩展引致组织坏死变褐，病死植株的皮层缚织充满菌丝和菌核成为重要的再侵染源。病菌借流水、地下害虫及农事操作传播。阴雨多湿天气利于立枯病发生。此外，生产上地势低洼或土质粘重的棉田易发病；播种过早、土温低、幼苗生长缓慢及排水不良发病重。
　　防治方法（1）选用抗病品种。如晋棉16号（师棉5号）、晋棉21号等。进行大面积合理轮作。huiche（2）提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥及5406菌肥。精细整地，提高播种质量。huiche（3）播种前精选棉种，并用种子重量0.5%-0.8%的50%多菌灵可湿性粉剂或种子重种。huiche（4）提倡采用脱绒包衣棉种，可提早出苗3-4天，减少发病。huiche（5）适期早播，春棉花应在5cm深处土温稳定在14摄氏度时播种，播深4-5cm。huiche（6）加强苗期管理，适当早间苗，适时早中耕，注意降低土壤湿度，提高地温，培育壮苗，雨后注意排水，防止湿气滞留。huiche（7）出苗后病害始发期，用80%退菌特或20%稻脚青可湿性粉剂1000倍液灌根，或用25%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷棉苗2-3次。