生物有机肥与普通有机肥有本质的区别。生物有机肥是由有效微生物经工业化生产增殖后与经无害化处理、快速发酵腐熟的有机物料（如畜禽粪便等）复合而成的活菌制品；一是有效微生物对作物生长具有促进作用；二是有机物料是经过快速发酵腐熟的，其所含养分在发酵腐熟过程中基本没有损失；三是所含养分已转变为速效养分，可被作物直接吸收利用。