1、蓝藻大量繁殖，最后形成优势种，在此过程中蓝藻会产生大量蓝藻毒素，限制其它藻类繁殖，从而使水体藻相结构不正常，藻相单一，最后只剩蓝藻。

2、养殖水体中如果只有蓝藻这一种藻类，如果水体当中存在的主要是微囊藻，通常情况下pH会很高，9.0以上，养殖动物长期生长在这种水体中正常的生理活动受到影响生长速度放缓。鱼苗和虾苗在这种水体里成活率会很低。

3、蓝藻大量暴发以后，随着藻类逐渐的老化和死亡，沉积在池塘底部，经过厌氧菌的发酵分解，使池塘底部环境严重恶化，发热、发臭，导致池塘底质的恶化。

4，养殖动物对刚死亡的藻类直接摄食，而这些死亡的藻含有大量蓝藻毒素（蓝藻在死亡以后会产生三大毒素：神经毒素、细胞内毒素和肠毒素）以及死亡分解释放大量羟胺、硫化氢等有毒物质，养殖动物摄食后，轻者出现肠炎，重者会中毒而死亡。蓝藻大量死亡几天以后，会发现养殖动物（鱼、虾、贝以及河蟹等）大量死亡，甚至全军覆没，这是因为死亡藻类经过厌氧菌腐败分解，蓝藻毒素慢慢向水体中上层扩散，使养殖动物中毒死亡。