新邱历史悠久，在较长的历史时期为少数民族的游牧地。

春秋时期，新邱属东胡地。

战国时期，此地被划为燕国版图。

秦统一后，本区划入辽西郡，不久成为匈奴左贤王领地。

三国时期，新邱全境归鲜卑慕容部。

自南北朝以后，经隋、唐、宋，一直为契丹活动地区。

元代，此地属懿州。

明为营州左屯卫地旋废入泰宁卫。

清时，此地曾先后属土默特左翼游牧地、塔子沟东境地、三座塔厅地、朝阳地。

1948年3月18日新邱解放，阜新市第三区人民政府成立。

1949年1月，阜新市第三区政府撤销，分设新开、新矿两个街政府。同年8月，街政府建制取消，成立阜新市第三区公所。

1952年，阜新市第三区公所改组为阜新市第三区人民政府。

1955年11月，阜新市第三区人民政府改称新邱区人民委员会（简称区人委）。

1958年9月29日，新邱区与邻近农村合并，成立红旗人民公社。辖“一区五乡”，即新邱区、阿金歹、大岗岗、长哈达、水泉、高德营子乡。同年11月，新邱区从红旗人民公社析出与新邱煤矿合并，成立政企合一的新邱人民公社。

1960年5月，政企分开，新邱人民公社和新邱区人委按“一区一社，社区并存，一套人马、两块牌子”的体制互存并称。

1966年“文化大革命”开始后，一度称新邱区为“红卫区”。

1968年1月27日，成立新邱区革命委员会。

1980年10月29日，成立新邱区人民政府。

1988年7月26日，中共阜新市委、市人民政府决定将新邱区辟为阜新市的经济发展特区。

2002年将细河区的长营子镇划归新邱区管辖。