护国镇原名叙蓬溪，始建于清初。

1929年为纪念护国讨袁运动，改名护国镇，1941年改护国乡，属叙永县辖，1951年划入纳溪县，1958年改护国公社，1984年建镇，1992年大里乡并入。位于区境南部，距区政府35千米。321国道过境。

1997年，面积94平方千米，人口3.3万，辖石柱、沙田、洋房、洞子、大鱼、东港口、凤仪、保坪、沈咀、藕花、大雄、永江、红岩、德厚、大营、瓦窑、插旗17个行政村和护国居委会。

1958年设花果（Huaguo）公社，1983年改乡。

1992年绍坝乡并入建花果镇。位于区境南部，距区政府35千米。321国道过境。

1997年，面积83.3平方千米，人口2.9万，辖乾龙、新屋基、骑龙、朝阳、白沙、凤凰、黄花、高桥、龙沟、铜印、伏金、双石、农民、应石、长坡、玉龙、双才、七丰18个行政村和绍坝、大洲驿2居委会。

1916年蔡锷将军讨袁，曾血战棉花坡，凯旋回师大洲驿，在镇政府一侧石壁上刻下“护国岩”3个大字，已列为省级重点保护文物。

2002年9月13日，经四川省人民政府批准，原护国镇和花果镇正式合并成立护国镇。辖35个行政村、8个居委会、291个村民小组，总人口61653人，总户数17325户，其中农业人口54616人，农业户14954户。集镇面积2.3平方千米。

2003年，面积176.05平方千米，辖35个行政村、2个社区、1个街村居委会、291个村民小组。年末总人口62349人，其中非农业人口6942人。 2004年，面积176.05平方千米，城镇建成区2.3平方千米，辖35个行政村、2个社区，1个街道居委会，总人口6.2万人，其中城镇居住人口1.3万人。