“沙依巴克”为维吾尔语，意为“戈壁滩上的花园”。据《新疆图志》等书记载，清光绪12年迪化州改为府增设迪化县。

1944年恢复迪化市，辖5个区，沙依巴克区为第四区。

1949年新疆和平解放后，成立市人民府，辖7个区，沙依巴克区为第六区。

1956年将7个区合并为三个城市区（一、二、三区），沙依巴克区为第三区。

1957年将第三区改名沙依巴克区。

1969年改为沙依巴克区革命委员会。

1980年在沙依巴克区八届一次人代会上更名为沙依巴克区人民政府。