太仓古代为滨海村落，人烟稀少，户不满百。春秋时属吴地，秦属会稽郡，汉为吴郡娄县惠安乡。三国吴于此建仓屯粮，渐次发展。

元代于刘家港开创漕粮海运后，遂日益繁盛，成为万家之邑。元末筑太仓城。吴元年建太仓卫，明初置镇海卫，屯兵驻防。

明弘治十年（1497），割昆山、常熟、嘉定三县地建太仓州。

清雍正二年（1724），升为江苏直隶州，并析地置镇洋县。

民国元年（1912），太仓州和镇洋县合并，定名太仓县。中华人民共和国成立后，始属苏南人民行政公署，后隶属江苏省苏州地区专员公署。

1983年3月，改隶苏州市。

1993年3月28日，撤县建太仓市。清代，太仓是江苏省下属的一个直隶州，下辖4县：镇洋、嘉定、宝山、崇明，辖境除今太仓市，以及今上海市的嘉定、宝山2区和崇明县以外，还包括今上海市中心城区的杨浦、虹口、闸北、普陀4个区的大部分。